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Master Biodiversité Écologie Évolution ( BEE )

FOGEM

Master Biodiversité, écologie et évolution

  • Durée des études : 2 ans
  • Crédits : 120
  • Parcours :

Objectifs

Le nouveau parcours Ecologie et Restauration des Milieux Dégradés (ECOREMID) s’adresse aux étudiants souhaitant s’orienter vers les métiers en relation avec l’écotoxicologie , l’écologie et la restauration des milieux dégradés.
L’étudiant y accède par une combinaison judicieuse d’UE optionnelles en L3 et en M1. Ce parcours est enseigné sur le Campus de Lille1 (Cité Scientifique). Il repose sur une complémentarité entre « Ecologie » et « Ecotoxicologie » et une approche équilibrée entre enseignements théoriques et pratiques. Le stage de longue durée (6 mois) permet également une préprofessionnalisation des étudiants dans le domaine de l’ingénierie écologique ou de la recherche dans des laboratoires nationaux ou étrangers.

Objectifs

Le parcours Fonctionnement et gestion des écosystèmes marins (FOGEM) du master Biodiversité, écologie et évolution a pour objectif de former des écologues spécialisés dans le domaine de l’Ecologie Marine au sens le plus large possible.

Il assure une formation de pointe aux étudiants souhaitant poursuivre leur formation au cours d’un doctorat dans un laboratoire de Recherche en Sciences Marines. Il a également pour objectif de former des cadres écologues entrant sur le marché du travail à BAC+5 avec des compétences généralistes dans le domaine de la gestion de l’Environnement et une spécialité en écologie marine. Afin de répondre au mieux aux attentes de la communauté scientifique, du monde professionnel et aux projets des étudiants, les profils de formation ont été définis :

  • Profil professionnel 1 : Chercheur en biologie et écologie marine en laboratoires de recherche institutionnel (CNRS, Universités, Stations Marines, Ifremer, IRD). Ce profil nécessite de compléter la formation par un Doctorat après le Master 2.
  • Profil professionnel  2 : Ingénieur d’étude, Ingénieur Ecologue en laboratoire de recherche, structure de surveillance et d’observation. Ce profil correspond à une entrée à BAC+5 dans le monde de la Recherche publique, privée et associative.
  • Profil professionnel  3 : Chargé de Mission, Chargé d’étude en bureau d’étude, collectivité territoriale ou agence d’état. Les métiers correspondants sont alors tournés vers la gestion, la protection, la valorisation des Ecosystèmes, en particulier dans les zones littorales et maritimes.

Le choix de l’un ou l’autre de ces profils n’empêche en rien d’envisager une carrière dans un autre profil à l’issue du Master. En effet, l’ensemble de la formation est cohérente avec l’offre de métiers envisagés. Les choix d’options permettent une spécialisation plus ou moins poussée dans l’un ou l’autre des domaines.

Objectifs

Le parcours Gestion et évolution de la biodiversité du master Biodiversité, écologie et évolution a une double finalité: former des chercheurs et des cadres écologues spécialisés dans l'étude et la gestion intégrée de la biodiversité et des ressources naturelles.

Ce parcours couvre les domaines de la biologie évolutive, l'écologie, la génétique et génomique des populations, et l'écotoxicologie, dans leurs aspects fondamentaux ainsi que leurs applications à la conservation, le diagnostic écologique et la gestion de la biodiversité et des écosystèmes terrestres. Un enseignement naturaliste approfondi (botanique, phytosociologie et ornithologie) est réalisé pour la coloration professionalisante.

Spécificités

Le parcours FOGEM du Master BEE de l'Université Lille 1 est mutualisé avec le Master Sciences de la mer de l'Université du Littoral Côte d'Opale.

Les étudiants des 2 masters suivent un cursus différent en première année de Master, puis un cursus identique en seconde année. Le diplôme des étudiants de chaque université est donc différent en ce qui concerne la mention.

Le parcours FOGEM du Master BEE est délocalisé dans les locaux de la Station Marine de Wimereux, département de l'Université Lille 1.

Spécificités

La première année du Master Biodiversité, écologie et évolution est commune aux parcours GEB (Gestion et évolution de la biodiversité) et FOGEM (Fonctionnement et gestion des écosystèmes marins). Elle est destinée à fournir les bases théoriques du domaine scientifique, à initier l'étudiant aux outils méthodologiques utilisés, et à lui permettre d'acquérir une expérience pratique.

La seconde année se marque par un choix thématique, notamment entre les deux spécialités, et par un choix entre une coloration 'recherche' ou 'professionalisante' de la formation.

Pour l'orientation professionalisante (bac+5), l'enseignement de terrain (sorties botaniques, ornithologiques, chantiers de gestion) tient une place prépondérante. Les intervenants sont en majeure partie des professionnels du monde naturaliste ou de l'environnement, ce qui permet l'immersion des étudiants dans le monde professionnel, immersion renforcée par de nombreux projets menés en lien étroit avec le réseau naturaliste régional et par un stage de longue durée (mars à aout).

Pour l'orientation recherche (bac+8) : immersion dans les milieux de la recherche par un stage de longue durée et adossement de la formation à des unités de recherche reconnues dans les domaines de l'écologie fonctionnelle et évolutive, de la biologie, génétique et génomique des populations.


Les savoirs

Le parcours ECOREMID a pour objectif de former des chercheurs et des cadres écologues spécialisés dans l’étude et la restauration des milieux dégradés : milieux (terrestres et aquatiques) perturbés par les activités industrielles, notamment milieux pollués (sols, eaux), milieux urbains et périurbains…

Les savoirs

La première année du master Biodiversité, écologie et évolution est commune aux parcours FOGEM (FOnctionnement et Gestion des Ecosystèmes Marins), GEB (Gestion et Evolution de la Biodiversité) et ECOREMID (ECOlogie et REstauration des MIlieux Dégradés).

Elle est destinée à fournir les bases théoriques du domaine scientifique, à initier l'étudiant aux outils méthodologiques utilisés, et à lui permettre d'acquérir une expérience pratique.

La seconde année se marque par un choix thématique, notamment entre les trois parcours, et par un choix d'options. L'intervention de nombreux professionnels dans la formation et l'adossement à des unités de recherche reconnues dans le domaine de l'Océanologie et des Géosciences (UMR 8187 LOG) permettent d'acquérir un savoir multidisplinaire et des connaissances transposables dans de nombreux cadres professionnels.

Pour le parcours FOnctionnement et Gestion des Écosystèmes Marins (FOGEM) ces connaissances couvrent les domaines de l'écologie marine et de l'océanologie biologique, et leurs applications à la surveillance et la gestion intégrée des écosystèmes côtiers. L'acquisition de connaissances disciplinaires s'accompagne de l'acquisition de compétences pratiques dont l'initiation à l'expérimentation et à la modélisation, ainsi que l'observation naturaliste et l’écologie de terrain.

En ce qui concerne les compétences additionnelles, l'accent est mis tout d'abord sur l'apprentissage de l'anglais : anglais courant et scientifique. L'objectif visé doit permettre à l'étudiant de se documenter en toute autonomie à partir de la littérature scientifique et technique anglophone, et être capable de présenter un court exposé en anglais.

Par ailleurs, il est également attendu que l'étudiant se familiarise avec l'outil informatique et acquiert les compétences suivantes : recherche d'information dans des bases de données (y compris bibliographiques), utilisation d'outils logiciels en statistique (notamment dans l'environnement R) et en géomatique (ArcGis, Qgis, Mapinfo), et compétences élémentaires en programmation notamment pour l'automatisation de tâches en analyse de données et en modélisation.

En ce qui concerne les compétences transversales, l'accent est porté sur l'acquisition de compétences en organisation du travail, d'analyse et de synthèse de documents ou de visites, menant à la rédaction de rapports ou de posters et à la réalisation de soutenances orales ou de conférences publiques. À ce titre, les compétences de communication écrite et orale font l'objet d'une attention toute particulière.

Enfin, les compétences de travail collaboratif sont également visées par la formation.

Les savoirs

Le Master proposé a pour double vocation d'amener des diplômés vers :

  • les carrières de la recherche et de l'enseignement supérieur par une formation associant étroitement l'écologie fonctionnelle et évolutive, la génétique des populations, la paléo-biodiversité
  • des métiers de l'expertise naturaliste et de la gestion du patrimoine naturel.

A ce titre l'enseignement est destiné à fournir aux étudiants un cadre de référence multidisciplinaire à l'heure où la demande sociale concernant la gestion de la biodiversité et de l'environnement est de plus en plus pressante. Les connaissances acquises en termes de bases théoriques concernent les mécanismes intervenant dans l'évolution de la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes continentaux et marins.

Les connaissances acquises en termes d'outils méthodologiques concernent: l'initiation aux méthodes d'analyse, de gestion intégrée, et d'intervention dans les domaines de l'écologie, l'océanologie, la biologie et génétique de la conservation, le diagnostic des pollutions, et la bioremédiation.

Les connaissances pratiques sont acquises au travers d'une formation à l'anglais scientifique et de stages tutorés en laboratoire de recherche, en entreprise, ou dans des associations ou collectivités.

Les savoir-faire

Les étudiants sont diplômés du Master Ecoremid sont compétents pour :
- Concevoir, monter un dossier prévisionnel de financement et développer des projets de recherche fondamentale et appliquée en lien avec la compréhension et la restauration dessites pollués
- Mettre en oeuvre les méthodes de biosurveillance et les bioindicateurs spécifiques des milieux dégradés
- Analyser une situation complexe de contamination et proposer des méthodes de suivi et de restauration des milieux pollués suivant leur nature
- Maîtriser les outils informatiques et les logiciels d’analyses de données afin de restituer avec pertinence les résultats obtenus lors des expérimentations ou des campagnes de suivis
- Rendre compte de leurs travaux par différents moyens de diffusion (publication, posters, conférences…) à destination de la communauté scientifique internationale mais également du grand public
- Travailler dans une logique d’équipe
- Animer des réunions avec des partenaires de projet et interagir avec les instances politiques d’aménagement du territoire.

Les savoir-faire

Les diplômés s'orientant vers une carrière dans le domaine de la recherche publique et privée sont particulièrement compétents pour :

  • Concevoir un sujet de recherche, mettre au point des protocoles expérimentaux, réaliser des expérimentations en laboratoire ou sur le terrain et en analyser les résultats.
  •  Interpréter les résultats d'une expérience et les placer dans le contexte de la littérature scientifique internationale, communiquer les résultats de ses travaux, et les vulgariser auprès du grand public.
  •  Participer à l'évaluation des pairs.
  •  Encadrer une équipe de recherche, mener des collaborations internationales, monter des dossiers de financement.
  •  Mener des collaborations avec les acteurs de la gestion intégrée des écosystèmes marins et côtiersborations avec les acteurs de la recherche sur la dynamique de la biodiversité

Les diplômés s'orientant vers une carrière dans le domaine de la gestion intégrée des écosystèmes marins et côtiers sont particulièrement compétents pour:

  •  Effectuer des diagnostics environnementaux, assister les collectivités, les socioprofessionnels, les entreprises privées dans leurs projets d'aménagement du littoral
  • Gérer et résoudre des problèmes environnementaux souvent complexes
  • Mettre en œuvre une gestion durable et intégrée des écosystèmes marins et côtiers
  • Interagir avec les instances politiques d'aménagement du littoral
  • Mener des actions de vulgarisation et de sensibilisation du grand public, et de valorisation des ressources naturelles marines
  • Mener des collaborations avec les acteurs de la recherche sur l'océanologie biologique et la dynamique de la biodiversité marine

Les savoir-faire

Les diplômés s'orientant vers une carrière dans le domaine de la recherche publique et privée sont particulièrement compétents pour:

  • Concevoir un sujet de recherche, mettre au point des protocoles expérimentaux, réaliser des expériences et en analyser les résultats
  • Interpréter les résultats d'une expérience et les placer dans le contexte de la littérature scientifique internationale, communiquer les résultats de ses travaux, et les vulgariser auprès du grand public
  • Participer à l'évaluation des pairs
  • Encadrer une équipe de recherche, mener des collaborations internationales, monter des dossiers de financement
  • Mener des collaborations avec les acteurs de la gestion intégrée de la biodiversité.

Les diplômés s'orientant vers une carrière dans le domaine de la gestion intégrée des écosystèmes sont particulièrement compétents pour :

  • Effectuer des diagnostics environnementaux, assister les collectivités, les socioprofessionnels, les entreprises privées dans leurs projets d'aménagement du territoire
  • Mettre en 'uvre une gestion durable et intégrée des écosystèmes naturels et aménagés
  • Mettre en place des projets de conservation des écosystèmes menacés
  • Interagir avec les instances politiques d'aménagement du territoire
  • Mener des actions de vulgarisation et de sensibilisation du grand public, et de valorisation du patrimoine naturel
  • Mener des collaborations avec les acteurs de la recherche sur la dynamique de la biodiversité

Tableau des semestres

SemestreUnité d'enseignementCrédits :
Semestre 1
Liste des UEs obligatoires

Comprendre les mécanismes sous-jacents aux changements évolutifs et les conséquences de ces derniers. Ici sont présentés les aspects directement liés aux processus évolutifs majeurs en microévolution et génétique des populations. Les conséquences écologiques figurent dans l'UE de Dynamique des Population et Écologie Évolutive.

Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales dans le domaine des sciences de l’évolution : notion de synthèse néodarwinienne, d’évolution des fréquences de gènes dans l’espace et dans le temps, d’outils moléculaires pour appréhender la diversité génétique, d’avantages et de coûts du sexe, de plasticité phénotypique et d’adaptation locale, d’apparentement génétique et ses conséquences en termes de consanguinité et de coopération, d’évolution neutre et adaptative.

Compétences  :

- déterminer les structures génotypiques attendues sous divers équilibre dépendant du régime de reproduction ; analyse de l’apparentement génétique

- déterminer les niveaux de différenciation génétique entre populations et les inférences que l’on peut y faire en termes de flux géniques.

- déterminer la taille efficace d’une population par approche directe et indirecte.

- savoir se forger un jugement sur les notions d’adaptation et de sélection naturelle sur des recherches fondamentales ayant un aspect sociétal et des applications pratiques en termes de gestion de la biodiversité (diffusion de traits génétiquement modifiés dans la nature, influence de la consanguinité en population naturelle).

- Compétences additionnelles et transversales : mise en place d’un protocole, rédaction d’un rapport scientifique, réalisation de mesures phénotypiques, analyses statistiques sous R.

5

Appréhender les concepts d'écologie, de biologie évolutive, et de géographie sur lesquels s'appuie la biologie de la conservation. Se familiariser avec les approches méthodologiques utilisées pour l'estimation de la biodiversité, tant aux échelles locales que globales, et pour la conservation des espèces menacées. Analyser et replacer dans leur contexte les résultats d'une publication en biologie de la conservation. Mettre en œuvre sur le terrain les techniques de dénombrement de la faune avicole.

Connaissances  : Connaissances sur les fondements théoriques de la biologie de la conservation: les concepts d'espèce; la définition d'une espèce menacée; la dépression de consanguinité et le fardeau génétique; les stochasticités démographiques et environnementales; l'effet Allee; le vortex d'extinction. Connaissances sur les outils méthodologiques mis en œuvre pour estimer la biodiversité et pour mettre en place un programme de conservation d'une espèce menacée.

Compétences  :

- pouvoir faire l'inventaire des choix stratégiques à effectuer pour la mise en place d'un programme de conservation, et utiliser les outils décisionnels pour orienter ces choix

- utiliser des critères objectifs pour déterminer le niveau de menace pesant sur une espèce.

- discuter des avantages et limites des principales méthodes de dénombrement de la faune avicole

- Compétences additionnelles et transversales : compréhension d'un article scientifique en anglais; analyse critique d'un article; présentation orale; rédaction d'un rapport individuel.

5

Comprendre les mécanismes sous-jacents aux variations de taille des populations, du fait notamment des interactions interspécifiques. Comprendre comment ces variations de taille influe la dynamique à l'échelle des communautés et des réseaux d'interactions, par exemple trophique. Comprendre les relations mutuelles entre biodiversité, dynamique des communautés et fonctionnement des écosystèmes.

Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentale en écologie des populations, des réseaux d'interaction et des communautés : dynamique des populations, démographie, dispersion, épidémiologie, prédation, mutualisme, stabilité des réseaux trophiques et d'interaction, lien entre diversité et fonctionnement des communautés et des écosystèmes, dispersion, théorie neutre de la biodiversité. Compréhension des processus stochastiques et déterministes, et de leur différence.

Compétences  :

- Modéliser l'évolution de la taille des populations dans différents contextes

- Comparer les prédictions théoriques et les observations empiriques

- Expliquer les processus et mécanismes responsables de l'augmentation ou de la décroissance de la biodiversité

- Prédire et expliquer les extinctions d'espèce et leur impact à l'échelle des communautés, des réseaux d'interaction et des écosystèmes.

- Savoir dans quelles conditions la biodiversité est-elle favorable ou non à la stabilité des écosystèmes, et pourquoi.

- Prédire l'impact des activités humaines sur les ressources naturelles et l'évolution des populations

- Prédire l'impact de l'évolution des ressources naturelles sur l'écologie de l'homme.

- Compétences additionnelles et transversales : programmation sous R, apprendre à mettre en place une démarche scientifique pour répondre à une question précise ; apprendre à lire, comprendre et critiquer un article scientifique.

5

Appréhender les concepts théoriques d’écologie des communautés et assemblages d’espèces, découvrir les interactions interspécifiques et les adaptations de communautés animales et végétales terrestres, dulçaquicoles et marines. Comprendre les notions théoriques, les appréhender par des résultats d’études scientifiques mais aussi les intégrer à un contexte concret et appliqué : gestion des écosystèmes, fonctionnement des écosystèmes et services écosystémiques.

Connaissances  : Connaissances sur les théories des assemblages d’espèces et de la relation biodiversité-fonctionnement des écosystèmes. Connaissances naturalistes sur des espèces majeures et représentatives des communautés étudiées. Connaissances sur les cycles biogéochimiques et sur la gestion des habitats naturels et semi naturels.

Compétences  :

- pouvoir faire le lien entre les notions théoriques (abordées dans différents cours) et les connaissances concrètes naturalistes, de terrain, de modalités de gestion des habitats.

- identifier, avec le recul apporté par les connaissances scientifiques, la nécessité et les méthodes de gestion des habitats.

- Compétences additionnelles et transversales : analyse critique d'un protocole; questionnement scientifique ; analyse de résultats et découverte de méthodes statistiques.

5

Donner aux étudiants des outils performants pour analyser les données écologiques provenant tant de la récolte d’organismes que des mesures de paramètres environnementaux obtenues via des sondes autonomes. Application sur support informatique.

Connaissances  : Connaissances théoriques sur des outils statistiques élaborés, leur construction, leur conditions d’application. Connaissance pratique sur la mise en œuvre de ces outils, à partir de base de données biologiques.

Compétences  :

- Faire appel à des connaissances dans le domaine des mathématiques.

- Poser une problématique et choisir les outils adéquats pour y répondre.

- Comprendre et Interpréter les résultats.

Compétences additionnelles et transversales :

- Pratiquer des logiciels de traitements de données actuels.

- Mettre en forme et gérer des bases de données.

5

Consolider et approfondir les compétences orales (compréhension et expression) en anglais. Permettre aux étudiants d’acquérir les outils nécessaires à la présentation en anglais d’une publication scientifiques. Apprendre à synthétiser le contenu scientifique d’une publication exposant l’état de l’art d’un domaine de recherche en biologie évolutive, océanologie ou écotoxicologie.

Connaissances  :

- L’anglais de la présentation et de l’interaction.

- Approfondissement des connaissances lexicales et grammaticales.

- Appropriation d’une thématique scientifique

 

Compétences  :

- Compréhension orale

- expression orale en anglais

- Capacité à interagir avec un ou plusieurs interlocuteurs.

- Savoir utiliser les outils informatiques en parallèle avec le discourt.

- travail de synthèse de document écrit ou sonore.

5
Semestre 2
Liste des UEs obligatoires

Acquérir une expérience de travail en entreprise publique ou privée, en milieu associatif ou dans un laboratoire de recherche, sous la responsabilité d'un maître de stage. Immersion dans le milieu professionnel de la recherche scientifique ou celui de l'étude et de la gestion des écosystèmes naturels et anthropisés. Apprentissage de la rédaction d'un rapport d'activité comprenant notamment l'analyse statistique et l'interprétation des données obtenues.

Connaissances  :

Les connaissances acquises dépendront de la nature du projet personnel, de la problématique et de la structure d'accueil, mais seront en adéquation avec les objectifs du master, c'est-à-dire en lien avec l'écologie. Elles seront donc de nature diverse : reconnaissance et inventaire d'espèces, manipulations en laboratoire, etc.

Compétences :

- Définir une problématique et élaborer la démarche scientifique pour y répondre

- Effectuer une recherche bibliographique pour connaître l’état de l’art.

- Acquérir des données en laboratoire et/ou sur le terrain

- Analyser les données, notamment par des méthodes statistiques

- Interpréter les résultats, en évaluer la qualité et la pertinence pour répondre la problématique de départ.

Compétences transversales :

- Reformuler le travail et le synthétiser

- Construire et développer une argumentation

- Retransmettre l'étude de manière écrite et orale sous un format scientifique.

 

10
Liste des UEs optionnelles

Aborder la notion de complexité des écosystèmes dans son ensemble sous deux aspects : i) en amont, la planification et la préparation de l’étude (les stratégies d’échantillonnage), ii) en aval, la capacité de synthèse et de compréhension du fonctionnement d’un écosystème (initiation à la modélisation et projet tutoré). L’UE est transversale puisque elle couvre tous les écosystèmes et fait le lien entre plusieurs disciplines s’intéressant à l’individu, à la population et la communauté.

Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales dans le domaine des sciences écologiques : comment aborder une question écologique, théorie de l’échantillonnage, les contraintes de l’échantillonnage liés à l’hétérogénéité spatio-temporelle et aux multitudes d’échelles, comparaison et classification des écosystèmes, les différentes approches de modélisation allant de l’empirisme aux outils de simulation émergents.

Compétences  :

- Proposer une démarche scientifique cohérente pour répondre à une question écologique ; identification des enjeux réels dans chaque étude.

- Identifier les échelles spatiotemporelles caractéristiques des variables étudiées.

- Élaborer des stratégies d’échantillonnage, estimer l’effort d’échantillonnage optimal et analyser les contraintes imposées par le cadre de l’étude.

- savoir identifier les différentes approches de modélisation et développer l’esprit critique envers les limites de chaque approche.

Compétences additionnelles et transversales :

- Proposer un schéma conceptuel synthétique

- Travailler en groupe pour réaliser un projet tutoré

- Rédiger un rapport synthétique et communiquer oralement

- Réaliser des simulations en utilisant un outil de modélisation informatique.

5

Le but de cette UE est de découvrir concrètement les groupements végétaux et animaux d'écosystèmes régionaux terrestres et dulçaquicoles tels que ceux découverts lors du module « Écologie des communautés et écosystèmes : bases fondamentales ». Les connaissances naturalistes seront particulièrement approfondies.

Connaissances  : Connaissances naturalistes et systématiques sur les espèces des communautés rencontrées. Méthodes de détermination. Méthodes de recensement. Évaluation de la qualité des milieux et gestion des milieux.

Compétences  :

  • Acquisition des méthodes de détermination et d’apprentissage des connaissances concrètes naturalistes.
  • Analyse de la qualité et des potentialités des milieux.

Compétences additionnelles et transversales : travail de terrain, organisation, travailler en groupe.

5

Découvrir les rôles du Droit de l'environnement face aux enjeux environnementaux. Connaître des bases du droit de l’environnement et ses outils pour être plus efficient dans une activité de préservation de l'environnement et de la nature.

Connaissances  : les enjeux environnementaux, les bases du droit de l’environnement et de son organisation, les grandes lois environnementales.

Compétences  :

  • Appréhender un texte de loi
  • Utiliser un Code juridique
  • Organiser ses connaissances en matière de droit de l’environnement

Savoir se forger un jugement sur les principes et outils du droit de l’environnement

5

Se familiariser avec différentes façons d’appréhender les phénomènes macroévolutifs. Comprendre les avantages et les limites de chaque approche et savoir en interpréter les résultats.

Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales dans le domaine des sciences de l’évolution. Les notions abordées sont les suivantes : synthèse néodarwinienne de l'évolution, mathématiques et statistiques utilisées en modélisation et phylogénie, modalités et rythmes de l'évolution, relation développement et évolution, évolution des éléments transposables et des introns, duplication du génome, transferts horizontaux, grands débats autour de la macroévolution (niveau d’action de la sélection, développement et théorie de l’évolution, la théorie de l’évolution appliquée aux sciences humaines et sociales, …).

Compétences  :

- Analyse des données génétiques, reconstruction d’arbres phylogénétiques suivant plusieurs méthodes, avoir un regard critique sur ces méthodes.

- Avoir une réflexion sur le cadre théorique dans lequel s’insère la biologie de l’évolution et sur ses conséquences sociétales. Réflexion épistémologique.

- Compétences additionnelles et transversales : compréhension de l’anglais au travers de cours et d’articles scientifiques ; analyse critique d'un article; présentation orale.

5

Comprendre l’écotoxicologie dans sa dimension « éco », à savoir que l’impact des polluants, et notamment des substances toxiques, se traduit précocement aux bas niveaux (biochimiques, moléculaires, cellulaires) de l’organisation biologique, mais que l’enjeu in fine se situe aux niveaux supérieurs, allant de l’individu à l’écosystème, en passant par les populations et les communautés. Cette vision multi-niveaux (et multi-échelles) repose sur la connaissance des liens existant entre les processus d’ordre toxicologique (infra-individuels) et les processus écologiques (traits de vie, effets sur les populations, sélection, atteintes à la diversité,…).

Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales en écotoxicologie : mécanismes biochimiques et physiologiques impactés par les toxiques ; mécanismes de détoxication ; biomarqueurs moléculaires, physiologiques et comportementaux, génotoxicité ; effets des toxiques sur les traits de vie et au niveau des populations et communautés ; applications au diagnostic écotoxicologique (tests de toxicité/écotoxicité ; biomarqueurs d’exposition et d’effets ; indicateurs écologiques, …). Introduction à la problématique de remédiation/restauration des écosystèmes contaminés.

Compétences  :

- diagnostic sur écosystèmes pollué : choix de biomarqueurs et indicateurs écologiques pertinents eu égard à la nature (simple ou complexe) de la contamination.

- aptitude à appréhender les problèmes écotoxicologiques à différentes échelles, et à plusieurs niveaux

- connaissance des principaux modèles biologiques utilisés en écotoxicité, et sensibilisation à l’emploi conjugué de stratégies de terrain et de micro/mésocosmes

- capacité de recherche bibliographique et de synthèse, rédaction d’un rapport scientifique, réalisation d’une affiche, exposé oral avec débat.

5

Apprendre à mettre en place un protocole expérimental pour répondre à une question en écologie fondamentale ou appliquée. Apprendre à déterminer dès la phase de mise en place du protocole les analyses statistiques qui permettront de traiter les données. S’entraîner à manipuler un jeu de données, l’analyser et l’interpréter. Développer son sens critique vis-à-vis des protocoles et études menées par d’autres.

Connaissances  : Principaux types d’approches empiriques utilisées en écologie, principaux types de protocoles, analyses statistiques de jeux de données.

Compétences  (acquises via des travaux personnels en binôme):

- mise en place un protocole expérimental en adéquation à la question posée et aux contraintes logistiques liées au modèle biologie et à la question.

- manipulation d’un jeu de données (tableur Excel et R)

- choix et réalisation d’analyses statistiques adéquates au regard d’un jeu de données et d’une question (R)

- évaluation du protocole et des analyses d’un autre groupe d’étudiants, développement d’un sens critique.

5

Amener les étudiants à mettre en application les concepts de génétique évolutive enseignés au cours des UE précédentes (M1-S1 et licence) au travers de travaux pratiques menant à l'acquisition, l'analyse et l'interprétation de données expérimentales d'écologie moléculaire.

Connaissances  : Approfondissement des connaissances sur les concepts associés à la définition de stratégies d'échantillonnage et de protocoles expérimentaux. Approfondissement des connaissances sur les méthodes d'analyse de données moléculaires. Initiation au développement et au suivi d'un projet de recherche.

Compétences  :

- Définition et acquisition d'un échantillonnage biologique pour répondre à une question scientifique ;

- Utilisation de technique de biologies moléculaires utilisées en écologie évolutive (extraction d' ADN, PCR, génotypage, séquençage) ;

- Utilisation d'outils statistiques d'analyse de données moléculaire ;

- Interprétation et restitution de données scientifique et de résultats d'analyse ;

- Compétences additionnelles et transversales : utilisation d'outils bio-informatiques (lecture de manuel d'utilisation, préparation de fichiers d'entrée, lecture de fichier de sortie), lecture critique d'articles scientifiques, communication scientifique.

5

Acquérir les connaissances pratiques et théoriques du fonctionnement des écosystèmes marins et des adaptations écophysiologiques des organismes végétaux et animaux qui les composent au cours d’un stage de terrain au Département Station Marine de l’Université de Lille 1. Des expérimentations en laboratoire seront proposées afin d’étudier les réponses des organismes au contraintes du milieu (Echantillonnages, Analyses, Interprétations). En complément des cours, un travail personnel sur des publications scientifiques en liaison avec les thèmes abordés sera demandé aux étudiants.

Connaissances  : Connaissances spécialisées dans le domaine de l’écologie et de l’écophysiologie Marine tant animale que végétale. L’UE permet de balayer l’ensemble des connaissances nécessaires de l’échantillonnage à l’interprétation écologique.

Compétences  :

- Choisir et caractériser le plan d’échantillonnage ou d’expérimentation.

- Mettre en œuvres des techniques de prélèvements, d’analyses et de mesure dans le domaine de l’Ecologie et de l’Ecophysiologie.

- Effectuer le traitement élémentaire des données (représentations, statistiques…).

- Interpréter les données et rédiger un rapport technique.

- Paramétrer les processus physicochimiques et biologiques des écosystèmes à l’aide de modèle conceptuel graphique (STELLA)

Compétences additionnelles et transversales  :

- Comprendre un article scientifique en anglais.

- Synthèse orale à partir d’une base documentaire.

5

Aborder le monde professionnel lié au domaine marin à travers des visites, des sorties sur le terrain, des rencontres avec des professionnels et des applications pratiques au laboratoire au cours d’un stage de terrain au Département Station Marine de l’Université de Lille 1. Les thèmes étudiés iront de l’aquariologie muséographique à la pêche industrielle, en passant par l’aquaculture et aborderont la gestion des écosystèmes naturels. Cours et TD permettront d’acquérir des connaissances académiques sur ces thématiques pratiques.

Connaissances  : Exemple d’exploitations des ressources marines et de gestion intégrée des Ecosystèmes côtiers.

Compétences  :

- Appréhender les enjeux de gestion intégrée dans le domaine marin

- Comprendre le contexte socio-économique

- Interagir avec le milieu professionnel

Compétences additionnelles et transversales :

- Rédiger des notes de synthèse

- Réussir ses interactions en groupe de travail

5
Semestre 3
Liste des UEs obligatoires

A l’issue de l’enseignement, l’étudiant est capable de :
- acquérir des méthodes d’identification et d’inventaire des espèces
- identifier des espèces et habitats de valeurs patrimoniales
- de maîtriser les méthodes d’analyse des relevés de végétations
Compétences additionnelles et transversales : organisation d’une session de terrain, relevés et exploitations
d’information collectées in natura

5

A l’issue de l’enseignement, l’étudiant est capable:
- d’organiser et opérer un diagnostic sur la nature de la dégradation du milieu : type de
pollution/contamination, amplitude
- de faire un choix argumenté d’une batterie d’indicateurs biologiques/écologiques (biomarqueurs &
bioindicateurs) pertinents
- de développer une stratégie d’échantillonnage ou d’observation rigoureuse et en explorer les
données à l’aide d’outils statistiques appropriés
- d’être à même d’actualiser ses connaissances sur les nouvelles techniques (via la bibliographie
scientifique et via la connaissance des principaux organismes, sources d’information.

5

A l’issue de l’enseignement, l’étudiant est capable de :
- contribuer à l’élaboration d’un dossier de demande de financement (exemple développée : dossier de demande
de financement FEDER), savoir valoriser ses acquis académiques dans le cadre d’un projet scientifique.
- Rédiger et présenter un CV et d’entreprendre les démarches de recherche d’emploi en ayant une vision globale
des partenaires impliqués dans la conservation du patrimoine naturel
- Répondre à un appel à projet en construisant un projet scientifique dans une démarche collaborative, produire
une demande budgétaire réaliste.
Compétences additionnelles et transversales : rédaction d'un projet en équipe

5

A l’issue de l’enseignement, l’étudiant est capable de :
- Analyser une situation complexe de contamination
- Mettre en place les techniques biologiques utilisées pour la réhabilitation de milieux pollués
(terrestres ou aquatiques)
- D’être à même d’actualiser ses connaissances sur les nouvelles techniques de restauration (via la
bibliographie scientifique et la connaissance des principaux organismes source d’informations)

5
Liste des UEs optionnelles

A l’issue de l’enseignement, l’étudiant est capable de :
- Comprendre l’architecture d’une base de données et les principaux outils informatiques indispensables à sa
conception et à sa gestion. Etre capable de réaliser une extraction d’information. Connaitre les outils de bases
des systèmes d’information géographique (QGis, Arcview, …), être capable de réaliser des manipulations
simples. Connaitre les principales bases de données régionales et leur utilisation dans le domaine de la
connaissance et protection des habitats naturels. :
- Etre capable de s’adapter aux fonctions de base des logiciels de géomatique (vecteur/raster) à partir de la
connaissance des deux logiciels les plus utilisés et représentatifs.
- Compétences additionnelles et transversales : travail en équipe, familiarisation et exploitation des outils de bioinformatiques.

5

A l’issue de l’enseignement, l’étudiant est capable de :
- Accéder aux principales sources bibliographiques et moteurs de recherche
- Créer et gérer une base de données bibliographique informatisée
- Réaliser et rédiger une synthèse bibliographique sur un thème en lien avec son stage de rec

5

A l’issue de l’enseignement, l’étudiant est capable de :
- Traiter une problématique en écologie.
- Analyser des données écologiques
- Ecrire des modèles paramètriques statistiques, les analyser
- Définir un problème fondamental en écologie
- Apporter des solutions appliquées en utilisant les connaissances fondamentales en écologie
- Mettre au point un protocole expérimental adapté à une question écologique, le traduire en modèle statistiques
- Compétences additionnelles et transversales : programmation sous R, analyse de données sour R, apprendre à
mettre en place une démarche scientifique pour répondre à une question précise.

5

A l’issue de l’enseignement, l’étudiant est capable de :
- Avoir de notions du droit de l’environnement (approfondissement des bases présentées en M1 Ecologie), les
méthodologies d’application de la réglementation (études d’impact, enquêtes publiques etc)
- Gérer une réunion de concertation

5
Semestre 4
Liste des UEs obligatoires
Stage de longue durée individuel coloration recherche30
Stage de longue durée individuel coloration pro30
SemestreUnité d'enseignementCrédits :
Semestre 1
Liste des UEs obligatoires

Comprendre les mécanismes sous-jacents aux changements évolutifs et les conséquences de ces derniers. Ici sont présentés les aspects directement liés aux processus évolutifs majeurs en microévolution et génétique des populations. Les conséquences écologiques figurent dans l'UE de Dynamique des Population et Écologie Évolutive.

Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales dans le domaine des sciences de l’évolution : notion de synthèse néodarwinienne, d’évolution des fréquences de gènes dans l’espace et dans le temps, d’outils moléculaires pour appréhender la diversité génétique, d’avantages et de coûts du sexe, de plasticité phénotypique et d’adaptation locale, d’apparentement génétique et ses conséquences en termes de consanguinité et de coopération, d’évolution neutre et adaptative.

Compétences  :

- déterminer les structures génotypiques attendues sous divers équilibre dépendant du régime de reproduction ; analyse de l’apparentement génétique

- déterminer les niveaux de différenciation génétique entre populations et les inférences que l’on peut y faire en termes de flux géniques.

- déterminer la taille efficace d’une population par approche directe et indirecte.

- savoir se forger un jugement sur les notions d’adaptation et de sélection naturelle sur des recherches fondamentales ayant un aspect sociétal et des applications pratiques en termes de gestion de la biodiversité (diffusion de traits génétiquement modifiés dans la nature, influence de la consanguinité en population naturelle).

- Compétences additionnelles et transversales : mise en place d’un protocole, rédaction d’un rapport scientifique, réalisation de mesures phénotypiques, analyses statistiques sous R.

5

Appréhender les concepts d'écologie, de biologie évolutive, et de géographie sur lesquels s'appuie la biologie de la conservation. Se familiariser avec les approches méthodologiques utilisées pour l'estimation de la biodiversité, tant aux échelles locales que globales, et pour la conservation des espèces menacées. Analyser et replacer dans leur contexte les résultats d'une publication en biologie de la conservation. Mettre en œuvre sur le terrain les techniques de dénombrement de la faune avicole.

Connaissances  : Connaissances sur les fondements théoriques de la biologie de la conservation: les concepts d'espèce; la définition d'une espèce menacée; la dépression de consanguinité et le fardeau génétique; les stochasticités démographiques et environnementales; l'effet Allee; le vortex d'extinction. Connaissances sur les outils méthodologiques mis en œuvre pour estimer la biodiversité et pour mettre en place un programme de conservation d'une espèce menacée.

Compétences  :

- pouvoir faire l'inventaire des choix stratégiques à effectuer pour la mise en place d'un programme de conservation, et utiliser les outils décisionnels pour orienter ces choix

- utiliser des critères objectifs pour déterminer le niveau de menace pesant sur une espèce.

- discuter des avantages et limites des principales méthodes de dénombrement de la faune avicole

- Compétences additionnelles et transversales : compréhension d'un article scientifique en anglais; analyse critique d'un article; présentation orale; rédaction d'un rapport individuel.

5

Comprendre les mécanismes sous-jacents aux variations de taille des populations, du fait notamment des interactions interspécifiques. Comprendre comment ces variations de taille influe la dynamique à l'échelle des communautés et des réseaux d'interactions, par exemple trophique. Comprendre les relations mutuelles entre biodiversité, dynamique des communautés et fonctionnement des écosystèmes.

Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentale en écologie des populations, des réseaux d'interaction et des communautés : dynamique des populations, démographie, dispersion, épidémiologie, prédation, mutualisme, stabilité des réseaux trophiques et d'interaction, lien entre diversité et fonctionnement des communautés et des écosystèmes, dispersion, théorie neutre de la biodiversité. Compréhension des processus stochastiques et déterministes, et de leur différence.

Compétences  :

- Modéliser l'évolution de la taille des populations dans différents contextes

- Comparer les prédictions théoriques et les observations empiriques

- Expliquer les processus et mécanismes responsables de l'augmentation ou de la décroissance de la biodiversité

- Prédire et expliquer les extinctions d'espèce et leur impact à l'échelle des communautés, des réseaux d'interaction et des écosystèmes.

- Savoir dans quelles conditions la biodiversité est-elle favorable ou non à la stabilité des écosystèmes, et pourquoi.

- Prédire l'impact des activités humaines sur les ressources naturelles et l'évolution des populations

- Prédire l'impact de l'évolution des ressources naturelles sur l'écologie de l'homme.

- Compétences additionnelles et transversales : programmation sous R, apprendre à mettre en place une démarche scientifique pour répondre à une question précise ; apprendre à lire, comprendre et critiquer un article scientifique.

5

Appréhender les concepts théoriques d’écologie des communautés et assemblages d’espèces, découvrir les interactions interspécifiques et les adaptations de communautés animales et végétales terrestres, dulçaquicoles et marines. Comprendre les notions théoriques, les appréhender par des résultats d’études scientifiques mais aussi les intégrer à un contexte concret et appliqué : gestion des écosystèmes, fonctionnement des écosystèmes et services écosystémiques.

Connaissances  : Connaissances sur les théories des assemblages d’espèces et de la relation biodiversité-fonctionnement des écosystèmes. Connaissances naturalistes sur des espèces majeures et représentatives des communautés étudiées. Connaissances sur les cycles biogéochimiques et sur la gestion des habitats naturels et semi naturels.

Compétences  :

- pouvoir faire le lien entre les notions théoriques (abordées dans différents cours) et les connaissances concrètes naturalistes, de terrain, de modalités de gestion des habitats.

- identifier, avec le recul apporté par les connaissances scientifiques, la nécessité et les méthodes de gestion des habitats.

- Compétences additionnelles et transversales : analyse critique d'un protocole; questionnement scientifique ; analyse de résultats et découverte de méthodes statistiques.

5

Donner aux étudiants des outils performants pour analyser les données écologiques provenant tant de la récolte d’organismes que des mesures de paramètres environnementaux obtenues via des sondes autonomes. Application sur support informatique.

Connaissances  : Connaissances théoriques sur des outils statistiques élaborés, leur construction, leur conditions d’application. Connaissance pratique sur la mise en œuvre de ces outils, à partir de base de données biologiques.

Compétences  :

- Faire appel à des connaissances dans le domaine des mathématiques.

- Poser une problématique et choisir les outils adéquats pour y répondre.

- Comprendre et Interpréter les résultats.

Compétences additionnelles et transversales :

- Pratiquer des logiciels de traitements de données actuels.

- Mettre en forme et gérer des bases de données.

5

Consolider et approfondir les compétences orales (compréhension et expression) en anglais. Permettre aux étudiants d’acquérir les outils nécessaires à la présentation en anglais d’une publication scientifiques. Apprendre à synthétiser le contenu scientifique d’une publication exposant l’état de l’art d’un domaine de recherche en biologie évolutive, océanologie ou écotoxicologie.

Connaissances  :

- L’anglais de la présentation et de l’interaction.

- Approfondissement des connaissances lexicales et grammaticales.

- Appropriation d’une thématique scientifique

 

Compétences  :

- Compréhension orale

- expression orale en anglais

- Capacité à interagir avec un ou plusieurs interlocuteurs.

- Savoir utiliser les outils informatiques en parallèle avec le discourt.

- travail de synthèse de document écrit ou sonore.

5
Semestre 2
Liste des UEs obligatoires

Acquérir une expérience de travail en entreprise publique ou privée, en milieu associatif ou dans un laboratoire de recherche, sous la responsabilité d'un maître de stage. Immersion dans le milieu professionnel de la recherche scientifique ou celui de l'étude et de la gestion des écosystèmes naturels et anthropisés. Apprentissage de la rédaction d'un rapport d'activité comprenant notamment l'analyse statistique et l'interprétation des données obtenues.

Connaissances  :

Les connaissances acquises dépendront de la nature du projet personnel, de la problématique et de la structure d'accueil, mais seront en adéquation avec les objectifs du master, c'est-à-dire en lien avec l'écologie. Elles seront donc de nature diverse : reconnaissance et inventaire d'espèces, manipulations en laboratoire, etc.

Compétences :

- Définir une problématique et élaborer la démarche scientifique pour y répondre

- Effectuer une recherche bibliographique pour connaître l’état de l’art.

- Acquérir des données en laboratoire et/ou sur le terrain

- Analyser les données, notamment par des méthodes statistiques

- Interpréter les résultats, en évaluer la qualité et la pertinence pour répondre la problématique de départ.

Compétences transversales :

- Reformuler le travail et le synthétiser

- Construire et développer une argumentation

- Retransmettre l'étude de manière écrite et orale sous un format scientifique.

 

10
Liste des UEs optionnelles

Aborder la notion de complexité des écosystèmes dans son ensemble sous deux aspects : i) en amont, la planification et la préparation de l’étude (les stratégies d’échantillonnage), ii) en aval, la capacité de synthèse et de compréhension du fonctionnement d’un écosystème (initiation à la modélisation et projet tutoré). L’UE est transversale puisque elle couvre tous les écosystèmes et fait le lien entre plusieurs disciplines s’intéressant à l’individu, à la population et la communauté.

Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales dans le domaine des sciences écologiques : comment aborder une question écologique, théorie de l’échantillonnage, les contraintes de l’échantillonnage liés à l’hétérogénéité spatio-temporelle et aux multitudes d’échelles, comparaison et classification des écosystèmes, les différentes approches de modélisation allant de l’empirisme aux outils de simulation émergents.

Compétences  :

- Proposer une démarche scientifique cohérente pour répondre à une question écologique ; identification des enjeux réels dans chaque étude.

- Identifier les échelles spatiotemporelles caractéristiques des variables étudiées.

- Élaborer des stratégies d’échantillonnage, estimer l’effort d’échantillonnage optimal et analyser les contraintes imposées par le cadre de l’étude.

- savoir identifier les différentes approches de modélisation et développer l’esprit critique envers les limites de chaque approche.

Compétences additionnelles et transversales :

- Proposer un schéma conceptuel synthétique

- Travailler en groupe pour réaliser un projet tutoré

- Rédiger un rapport synthétique et communiquer oralement

- Réaliser des simulations en utilisant un outil de modélisation informatique.

5

Le but de cette UE est de découvrir concrètement les groupements végétaux et animaux d'écosystèmes régionaux terrestres et dulçaquicoles tels que ceux découverts lors du module « Écologie des communautés et écosystèmes : bases fondamentales ». Les connaissances naturalistes seront particulièrement approfondies.

Connaissances  : Connaissances naturalistes et systématiques sur les espèces des communautés rencontrées. Méthodes de détermination. Méthodes de recensement. Évaluation de la qualité des milieux et gestion des milieux.

Compétences  :

  • Acquisition des méthodes de détermination et d’apprentissage des connaissances concrètes naturalistes.
  • Analyse de la qualité et des potentialités des milieux.

Compétences additionnelles et transversales : travail de terrain, organisation, travailler en groupe.

5

Découvrir les rôles du Droit de l'environnement face aux enjeux environnementaux. Connaître des bases du droit de l’environnement et ses outils pour être plus efficient dans une activité de préservation de l'environnement et de la nature.

Connaissances  : les enjeux environnementaux, les bases du droit de l’environnement et de son organisation, les grandes lois environnementales.

Compétences  :

  • Appréhender un texte de loi
  • Utiliser un Code juridique
  • Organiser ses connaissances en matière de droit de l’environnement

Savoir se forger un jugement sur les principes et outils du droit de l’environnement

5

Se familiariser avec différentes façons d’appréhender les phénomènes macroévolutifs. Comprendre les avantages et les limites de chaque approche et savoir en interpréter les résultats.

Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales dans le domaine des sciences de l’évolution. Les notions abordées sont les suivantes : synthèse néodarwinienne de l'évolution, mathématiques et statistiques utilisées en modélisation et phylogénie, modalités et rythmes de l'évolution, relation développement et évolution, évolution des éléments transposables et des introns, duplication du génome, transferts horizontaux, grands débats autour de la macroévolution (niveau d’action de la sélection, développement et théorie de l’évolution, la théorie de l’évolution appliquée aux sciences humaines et sociales, …).

Compétences  :

- Analyse des données génétiques, reconstruction d’arbres phylogénétiques suivant plusieurs méthodes, avoir un regard critique sur ces méthodes.

- Avoir une réflexion sur le cadre théorique dans lequel s’insère la biologie de l’évolution et sur ses conséquences sociétales. Réflexion épistémologique.

- Compétences additionnelles et transversales : compréhension de l’anglais au travers de cours et d’articles scientifiques ; analyse critique d'un article; présentation orale.

5

Comprendre l’écotoxicologie dans sa dimension « éco », à savoir que l’impact des polluants, et notamment des substances toxiques, se traduit précocement aux bas niveaux (biochimiques, moléculaires, cellulaires) de l’organisation biologique, mais que l’enjeu in fine se situe aux niveaux supérieurs, allant de l’individu à l’écosystème, en passant par les populations et les communautés. Cette vision multi-niveaux (et multi-échelles) repose sur la connaissance des liens existant entre les processus d’ordre toxicologique (infra-individuels) et les processus écologiques (traits de vie, effets sur les populations, sélection, atteintes à la diversité,…).

Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales en écotoxicologie : mécanismes biochimiques et physiologiques impactés par les toxiques ; mécanismes de détoxication ; biomarqueurs moléculaires, physiologiques et comportementaux, génotoxicité ; effets des toxiques sur les traits de vie et au niveau des populations et communautés ; applications au diagnostic écotoxicologique (tests de toxicité/écotoxicité ; biomarqueurs d’exposition et d’effets ; indicateurs écologiques, …). Introduction à la problématique de remédiation/restauration des écosystèmes contaminés.

Compétences  :

- diagnostic sur écosystèmes pollué : choix de biomarqueurs et indicateurs écologiques pertinents eu égard à la nature (simple ou complexe) de la contamination.

- aptitude à appréhender les problèmes écotoxicologiques à différentes échelles, et à plusieurs niveaux

- connaissance des principaux modèles biologiques utilisés en écotoxicité, et sensibilisation à l’emploi conjugué de stratégies de terrain et de micro/mésocosmes

- capacité de recherche bibliographique et de synthèse, rédaction d’un rapport scientifique, réalisation d’une affiche, exposé oral avec débat.

5

Apprendre à mettre en place un protocole expérimental pour répondre à une question en écologie fondamentale ou appliquée. Apprendre à déterminer dès la phase de mise en place du protocole les analyses statistiques qui permettront de traiter les données. S’entraîner à manipuler un jeu de données, l’analyser et l’interpréter. Développer son sens critique vis-à-vis des protocoles et études menées par d’autres.

Connaissances  : Principaux types d’approches empiriques utilisées en écologie, principaux types de protocoles, analyses statistiques de jeux de données.

Compétences  (acquises via des travaux personnels en binôme):

- mise en place un protocole expérimental en adéquation à la question posée et aux contraintes logistiques liées au modèle biologie et à la question.

- manipulation d’un jeu de données (tableur Excel et R)

- choix et réalisation d’analyses statistiques adéquates au regard d’un jeu de données et d’une question (R)

- évaluation du protocole et des analyses d’un autre groupe d’étudiants, développement d’un sens critique.

5

Amener les étudiants à mettre en application les concepts de génétique évolutive enseignés au cours des UE précédentes (M1-S1 et licence) au travers de travaux pratiques menant à l'acquisition, l'analyse et l'interprétation de données expérimentales d'écologie moléculaire.

Connaissances  : Approfondissement des connaissances sur les concepts associés à la définition de stratégies d'échantillonnage et de protocoles expérimentaux. Approfondissement des connaissances sur les méthodes d'analyse de données moléculaires. Initiation au développement et au suivi d'un projet de recherche.

Compétences  :

- Définition et acquisition d'un échantillonnage biologique pour répondre à une question scientifique ;

- Utilisation de technique de biologies moléculaires utilisées en écologie évolutive (extraction d' ADN, PCR, génotypage, séquençage) ;

- Utilisation d'outils statistiques d'analyse de données moléculaire ;

- Interprétation et restitution de données scientifique et de résultats d'analyse ;

- Compétences additionnelles et transversales : utilisation d'outils bio-informatiques (lecture de manuel d'utilisation, préparation de fichiers d'entrée, lecture de fichier de sortie), lecture critique d'articles scientifiques, communication scientifique.

5

Acquérir les connaissances pratiques et théoriques du fonctionnement des écosystèmes marins et des adaptations écophysiologiques des organismes végétaux et animaux qui les composent au cours d’un stage de terrain au Département Station Marine de l’Université de Lille 1. Des expérimentations en laboratoire seront proposées afin d’étudier les réponses des organismes au contraintes du milieu (Echantillonnages, Analyses, Interprétations). En complément des cours, un travail personnel sur des publications scientifiques en liaison avec les thèmes abordés sera demandé aux étudiants.

Connaissances  : Connaissances spécialisées dans le domaine de l’écologie et de l’écophysiologie Marine tant animale que végétale. L’UE permet de balayer l’ensemble des connaissances nécessaires de l’échantillonnage à l’interprétation écologique.

Compétences  :

- Choisir et caractériser le plan d’échantillonnage ou d’expérimentation.

- Mettre en œuvres des techniques de prélèvements, d’analyses et de mesure dans le domaine de l’Ecologie et de l’Ecophysiologie.

- Effectuer le traitement élémentaire des données (représentations, statistiques…).

- Interpréter les données et rédiger un rapport technique.

- Paramétrer les processus physicochimiques et biologiques des écosystèmes à l’aide de modèle conceptuel graphique (STELLA)

Compétences additionnelles et transversales  :

- Comprendre un article scientifique en anglais.

- Synthèse orale à partir d’une base documentaire.

5

Aborder le monde professionnel lié au domaine marin à travers des visites, des sorties sur le terrain, des rencontres avec des professionnels et des applications pratiques au laboratoire au cours d’un stage de terrain au Département Station Marine de l’Université de Lille 1. Les thèmes étudiés iront de l’aquariologie muséographique à la pêche industrielle, en passant par l’aquaculture et aborderont la gestion des écosystèmes naturels. Cours et TD permettront d’acquérir des connaissances académiques sur ces thématiques pratiques.

Connaissances  : Exemple d’exploitations des ressources marines et de gestion intégrée des Ecosystèmes côtiers.

Compétences  :

- Appréhender les enjeux de gestion intégrée dans le domaine marin

- Comprendre le contexte socio-économique

- Interagir avec le milieu professionnel

Compétences additionnelles et transversales :

- Rédiger des notes de synthèse

- Réussir ses interactions en groupe de travail

5
Semestre 3
Liste des UEs obligatoires

Faciliter l’entrée de l’étudiant dans le monde professionnel à la fin de sa formation. A l’issue de cette UE, l’étudiant devra être capable : de conduire et gérer un projet professionnel personnel ; d’avoir une vision globale des métiers et débouchées dans sa spécialité; d’identifier les partenaires impliqués dans la recherche fondamentale et appliquée à la connaissance et surveillance des écosystèmes marins, leur conservation et gestion intégrée,  de comprendre les modalités de recrutement, de développer et d’aller à l’encontre aller à la rencontre de son réseau développé au préalable.

2

L’évolution et la richesse des données géographiques imposent de maitriser les principes de la géomatique (géolocalisation, SIG, cartographie, géostatistiques…) pour traiter et formaliser efficacement les problématiques et les enjeux environnementaux modernes. Dans ce cadre général, les objectifs de l’UE sont à la fois de disposer d’un niveau d’expertise général sur les Systèmes d’Information Géographique à leur mise en œuvre, et de maitriser les géo-traitements en lien avec l’analyse spatiale et la gestion de bases de données géographiques et écologiques. L’UE prépare à l’ensemble des métiers de l’étude et de la gestion de l’environnement au sens le plus large. En effet, les Systèmes d’Information Géographiques sont utilisées à tous les niveaux dans des domaines variés comme la surveillance de la qualité des milieux, de la prévention des risques, de l’évolution des écosystèmes, ou de la gestion des espèces exploitées.

5

Comprendre et intégrer les principes de la communication scientifique par le biais des supports les plus usuellement mis en œuvre (poster, conférence, communication orale, rapport écrit). Les principaux moteurs de recherche bibliographiques sont présentés ainsi que la création/gestion des bases de données bibliographiques. La réalisation d’une synthèse bibliographique sur un thème en lien avec le stage (parcours Rech) ou une problématique environnementale littorale et marine (parcours Pro) est envisagée permettant une familiarisation à l’anglais scientifique. Les résultats sont présentés oralement (diaporama, exposition, conférence) et iconographiquement (poster) sous forme :

-D’une conférence de vulgarisation à destination des acteurs du milieu marin et du grand public. Cette conférence est organisée par les étudiants ayant choisi un projet Pro leur permettant ainsi de développer une liste de contact professionnel et les formera à l’organisation d’évènements scientifiques (publicité, contacts avec les médias). 

-D’une session scientifique de présentation de posters devant un jury d’enseignant-chercheurs, organisée au laboratoire (UMR LOG) par les étudiants ayant un projet tourné vers la recherche. Cette session permet une présentation des posters à un public scientifique d’étudiants (Master 1), d’enseignants-chercheurs et de personnels techniques.

5
Liste des UEs optionnelles

- Connaitre les dispositions juridiques internationales sur le droit de la mer ( CNUDM), les engagements pris par les États dans le cadre des objectifs marins de la convention sur la diversité biologique, les traités environnementaux, les conventions régionales sur les mers,

- Connaitre les Directives Européennes, notamment la Directive cadre stratégique sur le milieu marin, la Directive sur la planification spatiale marine et la Directive Habitats.

- Connaitre les outils législatifs et réglementaires français pour la protection de la mer et du littoral, et les politiques d’aménagement intégré et de gestion durable de l’espace littoral et des écosystèmes marins.

 

4

L’objectif de cet enseignement est de présenter aux étudiants différentes approches numériques utilisées dans le traitement de l’information, l’analyse des données et la modélisation des écosystèmes (systèmes environnementaux en général).

2

Appréhender, par des cas pratiques, la gestion intégrée des zones littorales en rencontrant les professionnels acteurs de cette gestion sur leur terrain de compétence. Les exemples porteront sur des sites régionaux choisis pour leur représentativité en termes d'usages ou en termes d'intervention professionnel.

2

Maîtriser les différents indicateurs utilisés pour caractériser la qualité écologique des milieux marins.

2

Accéder à la pluridisciplinarité nécessaire à la recherche en océanologie par la compréhension des bases de l’océanographie physique et de l’optique marine, ainsi que de leur rôle dans la structuration et le fonctionnement des écosystèmes marins. Comprendre l’intérêt de cette pluridisciplinarité au travers du couplage entre les phénomènes physiques et biologiques observées à différentes échelles en milieu marin.

A l’issue de l’enseignement, l’étudiant est capable de caractériser l’état turbulent d’une masse d’eau, de connaître les principes de la détermination de la biomasse et de la production primaire par télédétection, de déterminer les couplages existant entre la physique et la biologie selon les échelles d’observation, interactions entre échelles et de juger de l’implication de ces couplages quant à la répartition des (micro)organismes et la production des écosystèmes marins.

4

Appréhender les réponses à différents niveaux d'organisation biologique, de la cellule à l'organisme, pour décrypter les adaptations et réponses fonctionnelles des organismes marins aux principaux forçages environnementaux. Aborder l’impact que les changements environnementaux, induits ou non par l’homme, peuvent avoir sur les producteurs primaires et secondaires, et la capacité de ces derniers à s’adapter à ces changements. Comprendre, en intégrant réponses morphologiques, physiologiques et/ou comportementales, comment les organismes  animaux et végétaux font face à ces contraintes.

4

To acquire a global, but precise view of the structure, function, and evolution of marine ecosystems.

To understand their basic features, in particular the complexity of pelagic and benthic processes, and the benthic-pelagic coupling in different types of marine ecosystems.

To discover their complex trophic relationships, and understand the mechanisms underlying their operation.

To position the functioning of marine ecosystems in a current context of global change through examples of pelagic ecosystem response to hydroclimatic forcing.

4

Comprendre comment les différents aménagements et empreintes des activités humaines (impacts anthropiques) modifient la trajectoire des écosystèmes sous les contraintes climatiques. Appréhender la complexité des réponses des écosystèmes à ces impacts anthropiques. Intégrer l’homme dans les anthropo-systèmes pour en assurer leur développement durable. Comprendre comment les aménagements et les activités humaines peuvent avoir des impacts sur la dynamique morphologique des côtes et accroître leur sensibilité aux risques naturels (érosion, submersion marine, avancées dunaires). Appréhender les effets des activités anthropiques sur les processus morpho-sédimentaires littoraux. 

4

Acquérir un savoir-faire pratique sur les différents types d’expérimentations et de mesures qui peuvent être effectuées au niveau des interfaces eau-sédiment et air-sédiment. Appréhender la constitution d’un protocole expérimental adéquat, sa mise en œuvre, l’analyse des résultats qui en proviennent et leur mise en forme, dans le cadre d’une approche en équipe.

2

Acquérir une connaissance globale des techniques de biologie moléculaire appliquées à l’étude des écosystèmes, ainsi que des outils bio-informatiques nécessaire à l’analyse de données. Les exemples d’études porteront sur les problématiques concrètes rencontrées dans les laboratoires de recherche en matière d’identification de la biodiversité, de la notion d’espèce au sens moléculaire au terme jusqu’à l’analyse génomique via l’utilisation des ressources bio-informatiques disponibles.

2
Semestre 4
Liste des UEs obligatoires

Acquérir une expérience de travail en entreprise publique ou privée, en milieu associatif ou dans un laboratoire de recherche, sous la responsabilité d'un maître de stage. Immersion dans le milieu professionnel de la recherche scientifique ou celui de l'étude et de la gestion des écosystèmes naturels et anthropisés. 

30
SemestreUnité d'enseignementCrédits :
Semestre 1
Liste des UEs obligatoires

Comprendre les mécanismes sous-jacents aux changements évolutifs et les conséquences de ces derniers. Ici sont présentés les aspects directement liés aux processus évolutifs majeurs en microévolution et génétique des populations. Les conséquences écologiques figurent dans l'UE de Dynamique des Population et Écologie Évolutive.

Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales dans le domaine des sciences de l’évolution : notion de synthèse néodarwinienne, d’évolution des fréquences de gènes dans l’espace et dans le temps, d’outils moléculaires pour appréhender la diversité génétique, d’avantages et de coûts du sexe, de plasticité phénotypique et d’adaptation locale, d’apparentement génétique et ses conséquences en termes de consanguinité et de coopération, d’évolution neutre et adaptative.

Compétences  :

- déterminer les structures génotypiques attendues sous divers équilibre dépendant du régime de reproduction ; analyse de l’apparentement génétique

- déterminer les niveaux de différenciation génétique entre populations et les inférences que l’on peut y faire en termes de flux géniques.

- déterminer la taille efficace d’une population par approche directe et indirecte.

- savoir se forger un jugement sur les notions d’adaptation et de sélection naturelle sur des recherches fondamentales ayant un aspect sociétal et des applications pratiques en termes de gestion de la biodiversité (diffusion de traits génétiquement modifiés dans la nature, influence de la consanguinité en population naturelle).

- Compétences additionnelles et transversales : mise en place d’un protocole, rédaction d’un rapport scientifique, réalisation de mesures phénotypiques, analyses statistiques sous R.

5

Appréhender les concepts d'écologie, de biologie évolutive, et de géographie sur lesquels s'appuie la biologie de la conservation. Se familiariser avec les approches méthodologiques utilisées pour l'estimation de la biodiversité, tant aux échelles locales que globales, et pour la conservation des espèces menacées. Analyser et replacer dans leur contexte les résultats d'une publication en biologie de la conservation. Mettre en œuvre sur le terrain les techniques de dénombrement de la faune avicole.

Connaissances  : Connaissances sur les fondements théoriques de la biologie de la conservation: les concepts d'espèce; la définition d'une espèce menacée; la dépression de consanguinité et le fardeau génétique; les stochasticités démographiques et environnementales; l'effet Allee; le vortex d'extinction. Connaissances sur les outils méthodologiques mis en œuvre pour estimer la biodiversité et pour mettre en place un programme de conservation d'une espèce menacée.

Compétences  :

- pouvoir faire l'inventaire des choix stratégiques à effectuer pour la mise en place d'un programme de conservation, et utiliser les outils décisionnels pour orienter ces choix

- utiliser des critères objectifs pour déterminer le niveau de menace pesant sur une espèce.

- discuter des avantages et limites des principales méthodes de dénombrement de la faune avicole

- Compétences additionnelles et transversales : compréhension d'un article scientifique en anglais; analyse critique d'un article; présentation orale; rédaction d'un rapport individuel.

5

Comprendre les mécanismes sous-jacents aux variations de taille des populations, du fait notamment des interactions interspécifiques. Comprendre comment ces variations de taille influe la dynamique à l'échelle des communautés et des réseaux d'interactions, par exemple trophique. Comprendre les relations mutuelles entre biodiversité, dynamique des communautés et fonctionnement des écosystèmes.

Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentale en écologie des populations, des réseaux d'interaction et des communautés : dynamique des populations, démographie, dispersion, épidémiologie, prédation, mutualisme, stabilité des réseaux trophiques et d'interaction, lien entre diversité et fonctionnement des communautés et des écosystèmes, dispersion, théorie neutre de la biodiversité. Compréhension des processus stochastiques et déterministes, et de leur différence.

Compétences  :

- Modéliser l'évolution de la taille des populations dans différents contextes

- Comparer les prédictions théoriques et les observations empiriques

- Expliquer les processus et mécanismes responsables de l'augmentation ou de la décroissance de la biodiversité

- Prédire et expliquer les extinctions d'espèce et leur impact à l'échelle des communautés, des réseaux d'interaction et des écosystèmes.

- Savoir dans quelles conditions la biodiversité est-elle favorable ou non à la stabilité des écosystèmes, et pourquoi.

- Prédire l'impact des activités humaines sur les ressources naturelles et l'évolution des populations

- Prédire l'impact de l'évolution des ressources naturelles sur l'écologie de l'homme.

- Compétences additionnelles et transversales : programmation sous R, apprendre à mettre en place une démarche scientifique pour répondre à une question précise ; apprendre à lire, comprendre et critiquer un article scientifique.

5

Appréhender les concepts théoriques d’écologie des communautés et assemblages d’espèces, découvrir les interactions interspécifiques et les adaptations de communautés animales et végétales terrestres, dulçaquicoles et marines. Comprendre les notions théoriques, les appréhender par des résultats d’études scientifiques mais aussi les intégrer à un contexte concret et appliqué : gestion des écosystèmes, fonctionnement des écosystèmes et services écosystémiques.

Connaissances  : Connaissances sur les théories des assemblages d’espèces et de la relation biodiversité-fonctionnement des écosystèmes. Connaissances naturalistes sur des espèces majeures et représentatives des communautés étudiées. Connaissances sur les cycles biogéochimiques et sur la gestion des habitats naturels et semi naturels.

Compétences  :

- pouvoir faire le lien entre les notions théoriques (abordées dans différents cours) et les connaissances concrètes naturalistes, de terrain, de modalités de gestion des habitats.

- identifier, avec le recul apporté par les connaissances scientifiques, la nécessité et les méthodes de gestion des habitats.

- Compétences additionnelles et transversales : analyse critique d'un protocole; questionnement scientifique ; analyse de résultats et découverte de méthodes statistiques.

5

Donner aux étudiants des outils performants pour analyser les données écologiques provenant tant de la récolte d’organismes que des mesures de paramètres environnementaux obtenues via des sondes autonomes. Application sur support informatique.

Connaissances  : Connaissances théoriques sur des outils statistiques élaborés, leur construction, leur conditions d’application. Connaissance pratique sur la mise en œuvre de ces outils, à partir de base de données biologiques.

Compétences  :

- Faire appel à des connaissances dans le domaine des mathématiques.

- Poser une problématique et choisir les outils adéquats pour y répondre.

- Comprendre et Interpréter les résultats.

Compétences additionnelles et transversales :

- Pratiquer des logiciels de traitements de données actuels.

- Mettre en forme et gérer des bases de données.

5

Consolider et approfondir les compétences orales (compréhension et expression) en anglais. Permettre aux étudiants d’acquérir les outils nécessaires à la présentation en anglais d’une publication scientifiques. Apprendre à synthétiser le contenu scientifique d’une publication exposant l’état de l’art d’un domaine de recherche en biologie évolutive, océanologie ou écotoxicologie.

Connaissances  :

- L’anglais de la présentation et de l’interaction.

- Approfondissement des connaissances lexicales et grammaticales.

- Appropriation d’une thématique scientifique

 

Compétences  :

- Compréhension orale

- expression orale en anglais

- Capacité à interagir avec un ou plusieurs interlocuteurs.

- Savoir utiliser les outils informatiques en parallèle avec le discourt.

- travail de synthèse de document écrit ou sonore.

5
Semestre 2
Liste des UEs obligatoires

Acquérir une expérience de travail en entreprise publique ou privée, en milieu associatif ou dans un laboratoire de recherche, sous la responsabilité d'un maître de stage. Immersion dans le milieu professionnel de la recherche scientifique ou celui de l'étude et de la gestion des écosystèmes naturels et anthropisés. Apprentissage de la rédaction d'un rapport d'activité comprenant notamment l'analyse statistique et l'interprétation des données obtenues.

Connaissances  :

Les connaissances acquises dépendront de la nature du projet personnel, de la problématique et de la structure d'accueil, mais seront en adéquation avec les objectifs du master, c'est-à-dire en lien avec l'écologie. Elles seront donc de nature diverse : reconnaissance et inventaire d'espèces, manipulations en laboratoire, etc.

Compétences :

- Définir une problématique et élaborer la démarche scientifique pour y répondre

- Effectuer une recherche bibliographique pour connaître l’état de l’art.

- Acquérir des données en laboratoire et/ou sur le terrain

- Analyser les données, notamment par des méthodes statistiques

- Interpréter les résultats, en évaluer la qualité et la pertinence pour répondre la problématique de départ.

Compétences transversales :

- Reformuler le travail et le synthétiser

- Construire et développer une argumentation

- Retransmettre l'étude de manière écrite et orale sous un format scientifique.

 

10
Liste des UEs optionnelles

Aborder la notion de complexité des écosystèmes dans son ensemble sous deux aspects : i) en amont, la planification et la préparation de l’étude (les stratégies d’échantillonnage), ii) en aval, la capacité de synthèse et de compréhension du fonctionnement d’un écosystème (initiation à la modélisation et projet tutoré). L’UE est transversale puisque elle couvre tous les écosystèmes et fait le lien entre plusieurs disciplines s’intéressant à l’individu, à la population et la communauté.

Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales dans le domaine des sciences écologiques : comment aborder une question écologique, théorie de l’échantillonnage, les contraintes de l’échantillonnage liés à l’hétérogénéité spatio-temporelle et aux multitudes d’échelles, comparaison et classification des écosystèmes, les différentes approches de modélisation allant de l’empirisme aux outils de simulation émergents.

Compétences  :

- Proposer une démarche scientifique cohérente pour répondre à une question écologique ; identification des enjeux réels dans chaque étude.

- Identifier les échelles spatiotemporelles caractéristiques des variables étudiées.

- Élaborer des stratégies d’échantillonnage, estimer l’effort d’échantillonnage optimal et analyser les contraintes imposées par le cadre de l’étude.

- savoir identifier les différentes approches de modélisation et développer l’esprit critique envers les limites de chaque approche.

Compétences additionnelles et transversales :

- Proposer un schéma conceptuel synthétique

- Travailler en groupe pour réaliser un projet tutoré

- Rédiger un rapport synthétique et communiquer oralement

- Réaliser des simulations en utilisant un outil de modélisation informatique.

5

Le but de cette UE est de découvrir concrètement les groupements végétaux et animaux d'écosystèmes régionaux terrestres et dulçaquicoles tels que ceux découverts lors du module « Écologie des communautés et écosystèmes : bases fondamentales ». Les connaissances naturalistes seront particulièrement approfondies.

Connaissances  : Connaissances naturalistes et systématiques sur les espèces des communautés rencontrées. Méthodes de détermination. Méthodes de recensement. Évaluation de la qualité des milieux et gestion des milieux.

Compétences  :

  • Acquisition des méthodes de détermination et d’apprentissage des connaissances concrètes naturalistes.
  • Analyse de la qualité et des potentialités des milieux.

Compétences additionnelles et transversales : travail de terrain, organisation, travailler en groupe.

5

Découvrir les rôles du Droit de l'environnement face aux enjeux environnementaux. Connaître des bases du droit de l’environnement et ses outils pour être plus efficient dans une activité de préservation de l'environnement et de la nature.

Connaissances  : les enjeux environnementaux, les bases du droit de l’environnement et de son organisation, les grandes lois environnementales.

Compétences  :

  • Appréhender un texte de loi
  • Utiliser un Code juridique
  • Organiser ses connaissances en matière de droit de l’environnement

Savoir se forger un jugement sur les principes et outils du droit de l’environnement

5

Se familiariser avec différentes façons d’appréhender les phénomènes macroévolutifs. Comprendre les avantages et les limites de chaque approche et savoir en interpréter les résultats.

Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales dans le domaine des sciences de l’évolution. Les notions abordées sont les suivantes : synthèse néodarwinienne de l'évolution, mathématiques et statistiques utilisées en modélisation et phylogénie, modalités et rythmes de l'évolution, relation développement et évolution, évolution des éléments transposables et des introns, duplication du génome, transferts horizontaux, grands débats autour de la macroévolution (niveau d’action de la sélection, développement et théorie de l’évolution, la théorie de l’évolution appliquée aux sciences humaines et sociales, …).

Compétences  :

- Analyse des données génétiques, reconstruction d’arbres phylogénétiques suivant plusieurs méthodes, avoir un regard critique sur ces méthodes.

- Avoir une réflexion sur le cadre théorique dans lequel s’insère la biologie de l’évolution et sur ses conséquences sociétales. Réflexion épistémologique.

- Compétences additionnelles et transversales : compréhension de l’anglais au travers de cours et d’articles scientifiques ; analyse critique d'un article; présentation orale.

5

Comprendre l’écotoxicologie dans sa dimension « éco », à savoir que l’impact des polluants, et notamment des substances toxiques, se traduit précocement aux bas niveaux (biochimiques, moléculaires, cellulaires) de l’organisation biologique, mais que l’enjeu in fine se situe aux niveaux supérieurs, allant de l’individu à l’écosystème, en passant par les populations et les communautés. Cette vision multi-niveaux (et multi-échelles) repose sur la connaissance des liens existant entre les processus d’ordre toxicologique (infra-individuels) et les processus écologiques (traits de vie, effets sur les populations, sélection, atteintes à la diversité,…).

Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales en écotoxicologie : mécanismes biochimiques et physiologiques impactés par les toxiques ; mécanismes de détoxication ; biomarqueurs moléculaires, physiologiques et comportementaux, génotoxicité ; effets des toxiques sur les traits de vie et au niveau des populations et communautés ; applications au diagnostic écotoxicologique (tests de toxicité/écotoxicité ; biomarqueurs d’exposition et d’effets ; indicateurs écologiques, …). Introduction à la problématique de remédiation/restauration des écosystèmes contaminés.

Compétences  :

- diagnostic sur écosystèmes pollué : choix de biomarqueurs et indicateurs écologiques pertinents eu égard à la nature (simple ou complexe) de la contamination.

- aptitude à appréhender les problèmes écotoxicologiques à différentes échelles, et à plusieurs niveaux

- connaissance des principaux modèles biologiques utilisés en écotoxicité, et sensibilisation à l’emploi conjugué de stratégies de terrain et de micro/mésocosmes

- capacité de recherche bibliographique et de synthèse, rédaction d’un rapport scientifique, réalisation d’une affiche, exposé oral avec débat.

5

Apprendre à mettre en place un protocole expérimental pour répondre à une question en écologie fondamentale ou appliquée. Apprendre à déterminer dès la phase de mise en place du protocole les analyses statistiques qui permettront de traiter les données. S’entraîner à manipuler un jeu de données, l’analyser et l’interpréter. Développer son sens critique vis-à-vis des protocoles et études menées par d’autres.

Connaissances  : Principaux types d’approches empiriques utilisées en écologie, principaux types de protocoles, analyses statistiques de jeux de données.

Compétences  (acquises via des travaux personnels en binôme):

- mise en place un protocole expérimental en adéquation à la question posée et aux contraintes logistiques liées au modèle biologie et à la question.

- manipulation d’un jeu de données (tableur Excel et R)

- choix et réalisation d’analyses statistiques adéquates au regard d’un jeu de données et d’une question (R)

- évaluation du protocole et des analyses d’un autre groupe d’étudiants, développement d’un sens critique.

5

Amener les étudiants à mettre en application les concepts de génétique évolutive enseignés au cours des UE précédentes (M1-S1 et licence) au travers de travaux pratiques menant à l'acquisition, l'analyse et l'interprétation de données expérimentales d'écologie moléculaire.

Connaissances  : Approfondissement des connaissances sur les concepts associés à la définition de stratégies d'échantillonnage et de protocoles expérimentaux. Approfondissement des connaissances sur les méthodes d'analyse de données moléculaires. Initiation au développement et au suivi d'un projet de recherche.

Compétences  :

- Définition et acquisition d'un échantillonnage biologique pour répondre à une question scientifique ;

- Utilisation de technique de biologies moléculaires utilisées en écologie évolutive (extraction d' ADN, PCR, génotypage, séquençage) ;

- Utilisation d'outils statistiques d'analyse de données moléculaire ;

- Interprétation et restitution de données scientifique et de résultats d'analyse ;

- Compétences additionnelles et transversales : utilisation d'outils bio-informatiques (lecture de manuel d'utilisation, préparation de fichiers d'entrée, lecture de fichier de sortie), lecture critique d'articles scientifiques, communication scientifique.

5

Acquérir les connaissances pratiques et théoriques du fonctionnement des écosystèmes marins et des adaptations écophysiologiques des organismes végétaux et animaux qui les composent au cours d’un stage de terrain au Département Station Marine de l’Université de Lille 1. Des expérimentations en laboratoire seront proposées afin d’étudier les réponses des organismes au contraintes du milieu (Echantillonnages, Analyses, Interprétations). En complément des cours, un travail personnel sur des publications scientifiques en liaison avec les thèmes abordés sera demandé aux étudiants.

Connaissances  : Connaissances spécialisées dans le domaine de l’écologie et de l’écophysiologie Marine tant animale que végétale. L’UE permet de balayer l’ensemble des connaissances nécessaires de l’échantillonnage à l’interprétation écologique.

Compétences  :

- Choisir et caractériser le plan d’échantillonnage ou d’expérimentation.

- Mettre en œuvres des techniques de prélèvements, d’analyses et de mesure dans le domaine de l’Ecologie et de l’Ecophysiologie.

- Effectuer le traitement élémentaire des données (représentations, statistiques…).

- Interpréter les données et rédiger un rapport technique.

- Paramétrer les processus physicochimiques et biologiques des écosystèmes à l’aide de modèle conceptuel graphique (STELLA)

Compétences additionnelles et transversales  :

- Comprendre un article scientifique en anglais.

- Synthèse orale à partir d’une base documentaire.

5

Aborder le monde professionnel lié au domaine marin à travers des visites, des sorties sur le terrain, des rencontres avec des professionnels et des applications pratiques au laboratoire au cours d’un stage de terrain au Département Station Marine de l’Université de Lille 1. Les thèmes étudiés iront de l’aquariologie muséographique à la pêche industrielle, en passant par l’aquaculture et aborderont la gestion des écosystèmes naturels. Cours et TD permettront d’acquérir des connaissances académiques sur ces thématiques pratiques.

Connaissances  : Exemple d’exploitations des ressources marines et de gestion intégrée des Ecosystèmes côtiers.

Compétences  :

- Appréhender les enjeux de gestion intégrée dans le domaine marin

- Comprendre le contexte socio-économique

- Interagir avec le milieu professionnel

Compétences additionnelles et transversales :

- Rédiger des notes de synthèse

- Réussir ses interactions en groupe de travail

5
Semestre 3
Liste des UEs obligatoires

Faciliter l’entrée de l’étudiant dans le monde professionnel à la fin de sa formation en préparant sa recherche d’emploi et par la présentation des métiers et débouchés professionnel du master 2. Identifier les sources de financement d’un laboratoire, d’un bureau d’étude, d’un conservatoire.

5
Liste des UEs optionnelles

Acquérir les connaissances en droit nécessaires à la protection de l’environnement, des espèces et à la gestion des sites et à la compréhension des dossiers à la charge d’un professionnel de la gestion de la biodiversité.

5

Savoir évaluer la valeur patrimoniale d’un habitat naturel, mettre en place un plan de gestion dans tous ces aspects (priorité de conservation, calendrier et fréquence des d’intervention, besoin humain et matériel, évaluation des coûts etc.), connaître  les principaux protocoles adaptés aux habitats ou espèces cibles (détermination de la charge pastorale, fréquence des fauches, méthode d’étrépage, gestion des inondations etc.).

5

L'objectif est double : acquérir des compétences approfondies en statistiques appliquées à l'écologie, et des connaissances sur des thématiques variées actuelles en écologie générale.

5

Compléter les connaissances de l’étudiant dans les thématiques de l’évolution des systèmes de reproduction (plantes et animaux), évolution des traits d’histoire de vie et de l’adaptation, par une série de cours / TD / conférences. Une emphase particulière est portée sur la démarche utilisée pour mettre en évidence les différents résultats scientifiques. Lors des interventions, les étudiants sont sensibilisés aux différentes approches méthodologiques utilisées en biologie évolutive (approches de modélisation, approches expérimentales classiques d’écologie évolutive, approches QTL, approches phylogénétiques, génomique), et formés à l’interprétation des résultats.

5

Comprendre l’architecture d’une  base de données et les principaux outils informatiques indispensables à sa conception et à sa gestion. Etre capable de réaliser une extraction d’information. Connaitre les outils de bases des systèmes d’information géographique (QGis, Arcview, …), être capable de réaliser des manipulations simples. Connaitre les principales bases de données régionales et leur utilisation dans le domaine de la connaissance et protection des habitats naturels.

5

Le but de cette UE est de découvrir les groupements végétaux et animaux d'écosystèmes régionaux terrestres et dulçaquicoles de fort intérêt patrimonial, de connaitre les méthodes et outils de détermination de groupes taxonomiques complexes (Poacées, Cypéracées, Bryophytes pour les plantes ; Odonates, Syrphidés pour l’entomofaune) et d’appréhender la dynamique des écosystèmes par l’approche phytosociologique.

5

Appréhender les concepts fondamentaux d'écologie et de génétique évolutive théoriques et appliqués sur lesquels s'appuie la biologie et génétique de la conservation. Se familiariser avec les approches méthodologiques démographiques et moléculaires utilisées pour l'estimation, la gestion ou la conservation de la biodiversité, tant d’un aspect appliqué que fondamental. Analyser et replacer dans un contexte scientifique les propositions, les enjeux et la démarche méthodologique contenus dans un appel à projet soumis pour financement en biologie de la conservation.

5

Initier l'étudiant à la recherche de documents et à la réalisation d'une synthèse bibliographique d'articles scientifiques. Informer l'étudiant sur le fonctionnement du monde de la publication scientifique. L'amener à pratiquer la lecture d'une littérature scientifique en anglais dans un domaine proche de son sujet de stage. Entrainer l'étudier à faire une présentation scientifique, et à répondre aux questions d'un jury

5

This course aims at introducing the concepts and methodological approaches (e.g. top-down: QTLs and GWA-mapping; and bottom-up: genome scans) used to identify genomic regions and genes involved in major plant species adaptation.

5

Assimiler l’utilisation de divers outils moléculaires, statistiques et conceptuels pour étudier les structures spatiales de polymorphismes génétique et en tirer des inférences en termes de phylogéographie, de patrons de flux de gènes, de sélection naturelle et d’écologie comportementale.

5
Semestre 4
Liste des UEs optionnelles

Immersion prolongée dans le milieu professionnel de la recherche scientifique. Apprentissage de la réalisation d'un projet personnel de grande envergure. Rédaction d'un mémoire. Perfectionnement à la préparation d'un exposé de soutenance.

30

Immersion prolongée dans le milieu professionnel de l'étude et de la gestion intégrée des écosystèmes naturels et anthropisés. Apprentissage de la réalisation d'un projet personnel de grande envergure. Rédaction d'un mémoire. Perfectionnement à la préparation d'un exposé de soutenance.

30
  • Semestre 1
    • Liste des UEs obligatoires
      • Biologie évolutive (5 ECTS)

        Comprendre les mécanismes sous-jacents aux changements évolutifs et les conséquences de ces derniers. Ici sont présentés les aspects directement liés aux processus évolutifs majeurs en microévolution et génétique des populations. Les conséquences écologiques figurent dans l'UE de Dynamique des Population et Écologie Évolutive.

        Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales dans le domaine des sciences de l’évolution : notion de synthèse néodarwinienne, d’évolution des fréquences de gènes dans l’espace et dans le temps, d’outils moléculaires pour appréhender la diversité génétique, d’avantages et de coûts du sexe, de plasticité phénotypique et d’adaptation locale, d’apparentement génétique et ses conséquences en termes de consanguinité et de coopération, d’évolution neutre et adaptative.

        Compétences  :

        - déterminer les structures génotypiques attendues sous divers équilibre dépendant du régime de reproduction ; analyse de l’apparentement génétique

        - déterminer les niveaux de différenciation génétique entre populations et les inférences que l’on peut y faire en termes de flux géniques.

        - déterminer la taille efficace d’une population par approche directe et indirecte.

        - savoir se forger un jugement sur les notions d’adaptation et de sélection naturelle sur des recherches fondamentales ayant un aspect sociétal et des applications pratiques en termes de gestion de la biodiversité (diffusion de traits génétiquement modifiés dans la nature, influence de la consanguinité en population naturelle).

        - Compétences additionnelles et transversales : mise en place d’un protocole, rédaction d’un rapport scientifique, réalisation de mesures phénotypiques, analyses statistiques sous R.

      • Estimation et conservation de la biodiversité (5 ECTS)

        Appréhender les concepts d'écologie, de biologie évolutive, et de géographie sur lesquels s'appuie la biologie de la conservation. Se familiariser avec les approches méthodologiques utilisées pour l'estimation de la biodiversité, tant aux échelles locales que globales, et pour la conservation des espèces menacées. Analyser et replacer dans leur contexte les résultats d'une publication en biologie de la conservation. Mettre en œuvre sur le terrain les techniques de dénombrement de la faune avicole.

        Connaissances  : Connaissances sur les fondements théoriques de la biologie de la conservation: les concepts d'espèce; la définition d'une espèce menacée; la dépression de consanguinité et le fardeau génétique; les stochasticités démographiques et environnementales; l'effet Allee; le vortex d'extinction. Connaissances sur les outils méthodologiques mis en œuvre pour estimer la biodiversité et pour mettre en place un programme de conservation d'une espèce menacée.

        Compétences  :

        - pouvoir faire l'inventaire des choix stratégiques à effectuer pour la mise en place d'un programme de conservation, et utiliser les outils décisionnels pour orienter ces choix

        - utiliser des critères objectifs pour déterminer le niveau de menace pesant sur une espèce.

        - discuter des avantages et limites des principales méthodes de dénombrement de la faune avicole

        - Compétences additionnelles et transversales : compréhension d'un article scientifique en anglais; analyse critique d'un article; présentation orale; rédaction d'un rapport individuel.

      • Dynamique des populations, interactions et communautés (5 ECTS)

        Comprendre les mécanismes sous-jacents aux variations de taille des populations, du fait notamment des interactions interspécifiques. Comprendre comment ces variations de taille influe la dynamique à l'échelle des communautés et des réseaux d'interactions, par exemple trophique. Comprendre les relations mutuelles entre biodiversité, dynamique des communautés et fonctionnement des écosystèmes.

        Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentale en écologie des populations, des réseaux d'interaction et des communautés : dynamique des populations, démographie, dispersion, épidémiologie, prédation, mutualisme, stabilité des réseaux trophiques et d'interaction, lien entre diversité et fonctionnement des communautés et des écosystèmes, dispersion, théorie neutre de la biodiversité. Compréhension des processus stochastiques et déterministes, et de leur différence.

        Compétences  :

        - Modéliser l'évolution de la taille des populations dans différents contextes

        - Comparer les prédictions théoriques et les observations empiriques

        - Expliquer les processus et mécanismes responsables de l'augmentation ou de la décroissance de la biodiversité

        - Prédire et expliquer les extinctions d'espèce et leur impact à l'échelle des communautés, des réseaux d'interaction et des écosystèmes.

        - Savoir dans quelles conditions la biodiversité est-elle favorable ou non à la stabilité des écosystèmes, et pourquoi.

        - Prédire l'impact des activités humaines sur les ressources naturelles et l'évolution des populations

        - Prédire l'impact de l'évolution des ressources naturelles sur l'écologie de l'homme.

        - Compétences additionnelles et transversales : programmation sous R, apprendre à mettre en place une démarche scientifique pour répondre à une question précise ; apprendre à lire, comprendre et critiquer un article scientifique.

      • Ecologie des communautés et écosystèmes: bases fondamentales (5 ECTS)

        Appréhender les concepts théoriques d’écologie des communautés et assemblages d’espèces, découvrir les interactions interspécifiques et les adaptations de communautés animales et végétales terrestres, dulçaquicoles et marines. Comprendre les notions théoriques, les appréhender par des résultats d’études scientifiques mais aussi les intégrer à un contexte concret et appliqué : gestion des écosystèmes, fonctionnement des écosystèmes et services écosystémiques.

        Connaissances  : Connaissances sur les théories des assemblages d’espèces et de la relation biodiversité-fonctionnement des écosystèmes. Connaissances naturalistes sur des espèces majeures et représentatives des communautés étudiées. Connaissances sur les cycles biogéochimiques et sur la gestion des habitats naturels et semi naturels.

        Compétences  :

        - pouvoir faire le lien entre les notions théoriques (abordées dans différents cours) et les connaissances concrètes naturalistes, de terrain, de modalités de gestion des habitats.

        - identifier, avec le recul apporté par les connaissances scientifiques, la nécessité et les méthodes de gestion des habitats.

        - Compétences additionnelles et transversales : analyse critique d'un protocole; questionnement scientifique ; analyse de résultats et découverte de méthodes statistiques.

      • Biostatistiques approfondies (5 ECTS)

        Donner aux étudiants des outils performants pour analyser les données écologiques provenant tant de la récolte d’organismes que des mesures de paramètres environnementaux obtenues via des sondes autonomes. Application sur support informatique.

        Connaissances  : Connaissances théoriques sur des outils statistiques élaborés, leur construction, leur conditions d’application. Connaissance pratique sur la mise en œuvre de ces outils, à partir de base de données biologiques.

        Compétences  :

        - Faire appel à des connaissances dans le domaine des mathématiques.

        - Poser une problématique et choisir les outils adéquats pour y répondre.

        - Comprendre et Interpréter les résultats.

        Compétences additionnelles et transversales :

        - Pratiquer des logiciels de traitements de données actuels.

        - Mettre en forme et gérer des bases de données.

      • Anglais scientifique (5 ECTS)

        Consolider et approfondir les compétences orales (compréhension et expression) en anglais. Permettre aux étudiants d’acquérir les outils nécessaires à la présentation en anglais d’une publication scientifiques. Apprendre à synthétiser le contenu scientifique d’une publication exposant l’état de l’art d’un domaine de recherche en biologie évolutive, océanologie ou écotoxicologie.

        Connaissances  :

        - L’anglais de la présentation et de l’interaction.

        - Approfondissement des connaissances lexicales et grammaticales.

        - Appropriation d’une thématique scientifique

         

        Compétences  :

        - Compréhension orale

        - expression orale en anglais

        - Capacité à interagir avec un ou plusieurs interlocuteurs.

        - Savoir utiliser les outils informatiques en parallèle avec le discourt.

        - travail de synthèse de document écrit ou sonore.

  • Semestre 2
    • Liste des UEs obligatoires
      • Projet personnel (10 ECTS)

        Acquérir une expérience de travail en entreprise publique ou privée, en milieu associatif ou dans un laboratoire de recherche, sous la responsabilité d'un maître de stage. Immersion dans le milieu professionnel de la recherche scientifique ou celui de l'étude et de la gestion des écosystèmes naturels et anthropisés. Apprentissage de la rédaction d'un rapport d'activité comprenant notamment l'analyse statistique et l'interprétation des données obtenues.

        Connaissances  :

        Les connaissances acquises dépendront de la nature du projet personnel, de la problématique et de la structure d'accueil, mais seront en adéquation avec les objectifs du master, c'est-à-dire en lien avec l'écologie. Elles seront donc de nature diverse : reconnaissance et inventaire d'espèces, manipulations en laboratoire, etc.

        Compétences :

        - Définir une problématique et élaborer la démarche scientifique pour y répondre

        - Effectuer une recherche bibliographique pour connaître l’état de l’art.

        - Acquérir des données en laboratoire et/ou sur le terrain

        - Analyser les données, notamment par des méthodes statistiques

        - Interpréter les résultats, en évaluer la qualité et la pertinence pour répondre la problématique de départ.

        Compétences transversales :

        - Reformuler le travail et le synthétiser

        - Construire et développer une argumentation

        - Retransmettre l'étude de manière écrite et orale sous un format scientifique.

         

    • Liste des UEs optionnelles
      • Méthodes d'échantillonnage et modélisation des écosystèmes (5 ECTS)

        Aborder la notion de complexité des écosystèmes dans son ensemble sous deux aspects : i) en amont, la planification et la préparation de l’étude (les stratégies d’échantillonnage), ii) en aval, la capacité de synthèse et de compréhension du fonctionnement d’un écosystème (initiation à la modélisation et projet tutoré). L’UE est transversale puisque elle couvre tous les écosystèmes et fait le lien entre plusieurs disciplines s’intéressant à l’individu, à la population et la communauté.

        Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales dans le domaine des sciences écologiques : comment aborder une question écologique, théorie de l’échantillonnage, les contraintes de l’échantillonnage liés à l’hétérogénéité spatio-temporelle et aux multitudes d’échelles, comparaison et classification des écosystèmes, les différentes approches de modélisation allant de l’empirisme aux outils de simulation émergents.

        Compétences  :

        - Proposer une démarche scientifique cohérente pour répondre à une question écologique ; identification des enjeux réels dans chaque étude.

        - Identifier les échelles spatiotemporelles caractéristiques des variables étudiées.

        - Élaborer des stratégies d’échantillonnage, estimer l’effort d’échantillonnage optimal et analyser les contraintes imposées par le cadre de l’étude.

        - savoir identifier les différentes approches de modélisation et développer l’esprit critique envers les limites de chaque approche.

        Compétences additionnelles et transversales :

        - Proposer un schéma conceptuel synthétique

        - Travailler en groupe pour réaliser un projet tutoré

        - Rédiger un rapport synthétique et communiquer oralement

        - Réaliser des simulations en utilisant un outil de modélisation informatique.

      • Communautés animales et végétales terrestres: sorties (5 ECTS)

        Le but de cette UE est de découvrir concrètement les groupements végétaux et animaux d'écosystèmes régionaux terrestres et dulçaquicoles tels que ceux découverts lors du module « Écologie des communautés et écosystèmes : bases fondamentales ». Les connaissances naturalistes seront particulièrement approfondies.

        Connaissances  : Connaissances naturalistes et systématiques sur les espèces des communautés rencontrées. Méthodes de détermination. Méthodes de recensement. Évaluation de la qualité des milieux et gestion des milieux.

        Compétences  :

        • Acquisition des méthodes de détermination et d’apprentissage des connaissances concrètes naturalistes.
        • Analyse de la qualité et des potentialités des milieux.

        Compétences additionnelles et transversales : travail de terrain, organisation, travailler en groupe.

      • Droit de l'environnement (5 ECTS)

        Découvrir les rôles du Droit de l'environnement face aux enjeux environnementaux. Connaître des bases du droit de l’environnement et ses outils pour être plus efficient dans une activité de préservation de l'environnement et de la nature.

        Connaissances  : les enjeux environnementaux, les bases du droit de l’environnement et de son organisation, les grandes lois environnementales.

        Compétences  :

        • Appréhender un texte de loi
        • Utiliser un Code juridique
        • Organiser ses connaissances en matière de droit de l’environnement

        Savoir se forger un jugement sur les principes et outils du droit de l’environnement

      • Méthodes d'étude de l'évolution (5 ECTS)

        Se familiariser avec différentes façons d’appréhender les phénomènes macroévolutifs. Comprendre les avantages et les limites de chaque approche et savoir en interpréter les résultats.

        Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales dans le domaine des sciences de l’évolution. Les notions abordées sont les suivantes : synthèse néodarwinienne de l'évolution, mathématiques et statistiques utilisées en modélisation et phylogénie, modalités et rythmes de l'évolution, relation développement et évolution, évolution des éléments transposables et des introns, duplication du génome, transferts horizontaux, grands débats autour de la macroévolution (niveau d’action de la sélection, développement et théorie de l’évolution, la théorie de l’évolution appliquée aux sciences humaines et sociales, …).

        Compétences  :

        - Analyse des données génétiques, reconstruction d’arbres phylogénétiques suivant plusieurs méthodes, avoir un regard critique sur ces méthodes.

        - Avoir une réflexion sur le cadre théorique dans lequel s’insère la biologie de l’évolution et sur ses conséquences sociétales. Réflexion épistémologique.

        - Compétences additionnelles et transversales : compréhension de l’anglais au travers de cours et d’articles scientifiques ; analyse critique d'un article; présentation orale.

      • Ecotoxicologie approfondie (5 ECTS)

        Comprendre l’écotoxicologie dans sa dimension « éco », à savoir que l’impact des polluants, et notamment des substances toxiques, se traduit précocement aux bas niveaux (biochimiques, moléculaires, cellulaires) de l’organisation biologique, mais que l’enjeu in fine se situe aux niveaux supérieurs, allant de l’individu à l’écosystème, en passant par les populations et les communautés. Cette vision multi-niveaux (et multi-échelles) repose sur la connaissance des liens existant entre les processus d’ordre toxicologique (infra-individuels) et les processus écologiques (traits de vie, effets sur les populations, sélection, atteintes à la diversité,…).

        Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales en écotoxicologie : mécanismes biochimiques et physiologiques impactés par les toxiques ; mécanismes de détoxication ; biomarqueurs moléculaires, physiologiques et comportementaux, génotoxicité ; effets des toxiques sur les traits de vie et au niveau des populations et communautés ; applications au diagnostic écotoxicologique (tests de toxicité/écotoxicité ; biomarqueurs d’exposition et d’effets ; indicateurs écologiques, …). Introduction à la problématique de remédiation/restauration des écosystèmes contaminés.

        Compétences  :

        - diagnostic sur écosystèmes pollué : choix de biomarqueurs et indicateurs écologiques pertinents eu égard à la nature (simple ou complexe) de la contamination.

        - aptitude à appréhender les problèmes écotoxicologiques à différentes échelles, et à plusieurs niveaux

        - connaissance des principaux modèles biologiques utilisés en écotoxicité, et sensibilisation à l’emploi conjugué de stratégies de terrain et de micro/mésocosmes

        - capacité de recherche bibliographique et de synthèse, rédaction d’un rapport scientifique, réalisation d’une affiche, exposé oral avec débat.

      • Approches expérimentales en écologie (5 ECTS)

        Apprendre à mettre en place un protocole expérimental pour répondre à une question en écologie fondamentale ou appliquée. Apprendre à déterminer dès la phase de mise en place du protocole les analyses statistiques qui permettront de traiter les données. S’entraîner à manipuler un jeu de données, l’analyser et l’interpréter. Développer son sens critique vis-à-vis des protocoles et études menées par d’autres.

        Connaissances  : Principaux types d’approches empiriques utilisées en écologie, principaux types de protocoles, analyses statistiques de jeux de données.

        Compétences  (acquises via des travaux personnels en binôme):

        - mise en place un protocole expérimental en adéquation à la question posée et aux contraintes logistiques liées au modèle biologie et à la question.

        - manipulation d’un jeu de données (tableur Excel et R)

        - choix et réalisation d’analyses statistiques adéquates au regard d’un jeu de données et d’une question (R)

        - évaluation du protocole et des analyses d’un autre groupe d’étudiants, développement d’un sens critique.

      • Génétique évolutive expérimentale (5 ECTS)

        Amener les étudiants à mettre en application les concepts de génétique évolutive enseignés au cours des UE précédentes (M1-S1 et licence) au travers de travaux pratiques menant à l'acquisition, l'analyse et l'interprétation de données expérimentales d'écologie moléculaire.

        Connaissances  : Approfondissement des connaissances sur les concepts associés à la définition de stratégies d'échantillonnage et de protocoles expérimentaux. Approfondissement des connaissances sur les méthodes d'analyse de données moléculaires. Initiation au développement et au suivi d'un projet de recherche.

        Compétences  :

        - Définition et acquisition d'un échantillonnage biologique pour répondre à une question scientifique ;

        - Utilisation de technique de biologies moléculaires utilisées en écologie évolutive (extraction d' ADN, PCR, génotypage, séquençage) ;

        - Utilisation d'outils statistiques d'analyse de données moléculaire ;

        - Interprétation et restitution de données scientifique et de résultats d'analyse ;

        - Compétences additionnelles et transversales : utilisation d'outils bio-informatiques (lecture de manuel d'utilisation, préparation de fichiers d'entrée, lecture de fichier de sortie), lecture critique d'articles scientifiques, communication scientifique.

      • Ecosystèmes marins : fonctionnement et écophysiologie (5 ECTS)

        Acquérir les connaissances pratiques et théoriques du fonctionnement des écosystèmes marins et des adaptations écophysiologiques des organismes végétaux et animaux qui les composent au cours d’un stage de terrain au Département Station Marine de l’Université de Lille 1. Des expérimentations en laboratoire seront proposées afin d’étudier les réponses des organismes au contraintes du milieu (Echantillonnages, Analyses, Interprétations). En complément des cours, un travail personnel sur des publications scientifiques en liaison avec les thèmes abordés sera demandé aux étudiants.

        Connaissances  : Connaissances spécialisées dans le domaine de l’écologie et de l’écophysiologie Marine tant animale que végétale. L’UE permet de balayer l’ensemble des connaissances nécessaires de l’échantillonnage à l’interprétation écologique.

        Compétences  :

        - Choisir et caractériser le plan d’échantillonnage ou d’expérimentation.

        - Mettre en œuvres des techniques de prélèvements, d’analyses et de mesure dans le domaine de l’Ecologie et de l’Ecophysiologie.

        - Effectuer le traitement élémentaire des données (représentations, statistiques…).

        - Interpréter les données et rédiger un rapport technique.

        - Paramétrer les processus physicochimiques et biologiques des écosystèmes à l’aide de modèle conceptuel graphique (STELLA)

        Compétences additionnelles et transversales  :

        - Comprendre un article scientifique en anglais.

        - Synthèse orale à partir d’une base documentaire.

      • Ecosystèmes marins : exploitation et gestion (5 ECTS)

        Aborder le monde professionnel lié au domaine marin à travers des visites, des sorties sur le terrain, des rencontres avec des professionnels et des applications pratiques au laboratoire au cours d’un stage de terrain au Département Station Marine de l’Université de Lille 1. Les thèmes étudiés iront de l’aquariologie muséographique à la pêche industrielle, en passant par l’aquaculture et aborderont la gestion des écosystèmes naturels. Cours et TD permettront d’acquérir des connaissances académiques sur ces thématiques pratiques.

        Connaissances  : Exemple d’exploitations des ressources marines et de gestion intégrée des Ecosystèmes côtiers.

        Compétences  :

        - Appréhender les enjeux de gestion intégrée dans le domaine marin

        - Comprendre le contexte socio-économique

        - Interagir avec le milieu professionnel

        Compétences additionnelles et transversales :

        - Rédiger des notes de synthèse

        - Réussir ses interactions en groupe de travail

  • Semestre 3
    • Liste des UEs obligatoires
      • Connaissance de la faune et de la flore (5 ECTS)

        A l’issue de l’enseignement, l’étudiant est capable de :
        - acquérir des méthodes d’identification et d’inventaire des espèces
        - identifier des espèces et habitats de valeurs patrimoniales
        - de maîtriser les méthodes d’analyse des relevés de végétations
        Compétences additionnelles et transversales : organisation d’une session de terrain, relevés et exploitations
        d’information collectées in natura

      • Diagnostic biologique des pollutions (5 ECTS)

        A l’issue de l’enseignement, l’étudiant est capable:
        - d’organiser et opérer un diagnostic sur la nature de la dégradation du milieu : type de
        pollution/contamination, amplitude
        - de faire un choix argumenté d’une batterie d’indicateurs biologiques/écologiques (biomarqueurs &
        bioindicateurs) pertinents
        - de développer une stratégie d’échantillonnage ou d’observation rigoureuse et en explorer les
        données à l’aide d’outils statistiques appropriés
        - d’être à même d’actualiser ses connaissances sur les nouvelles techniques (via la bibliographie
        scientifique et via la connaissance des principaux organismes, sources d’information.

      • Découverte du monde professionnel (5 ECTS)

        A l’issue de l’enseignement, l’étudiant est capable de :
        - contribuer à l’élaboration d’un dossier de demande de financement (exemple développée : dossier de demande
        de financement FEDER), savoir valoriser ses acquis académiques dans le cadre d’un projet scientifique.
        - Rédiger et présenter un CV et d’entreprendre les démarches de recherche d’emploi en ayant une vision globale
        des partenaires impliqués dans la conservation du patrimoine naturel
        - Répondre à un appel à projet en construisant un projet scientifique dans une démarche collaborative, produire
        une demande budgétaire réaliste.
        Compétences additionnelles et transversales : rédaction d'un projet en équipe

      • Restauration des milieux pollués (5 ECTS)

        A l’issue de l’enseignement, l’étudiant est capable de :
        - Analyser une situation complexe de contamination
        - Mettre en place les techniques biologiques utilisées pour la réhabilitation de milieux pollués
        (terrestres ou aquatiques)
        - D’être à même d’actualiser ses connaissances sur les nouvelles techniques de restauration (via la
        bibliographie scientifique et la connaissance des principaux organismes source d’informations)

    • Liste des UEs optionnelles
      • Outils géomatiques pour l'étude de la biodiversité (5 ECTS)

        A l’issue de l’enseignement, l’étudiant est capable de :
        - Comprendre l’architecture d’une base de données et les principaux outils informatiques indispensables à sa
        conception et à sa gestion. Etre capable de réaliser une extraction d’information. Connaitre les outils de bases
        des systèmes d’information géographique (QGis, Arcview, …), être capable de réaliser des manipulations
        simples. Connaitre les principales bases de données régionales et leur utilisation dans le domaine de la
        connaissance et protection des habitats naturels. :
        - Etre capable de s’adapter aux fonctions de base des logiciels de géomatique (vecteur/raster) à partir de la
        connaissance des deux logiciels les plus utilisés et représentatifs.
        - Compétences additionnelles et transversales : travail en équipe, familiarisation et exploitation des outils de bioinformatiques.

      • Projet bibliographique et anglais scientifique (5 ECTS)

        A l’issue de l’enseignement, l’étudiant est capable de :
        - Accéder aux principales sources bibliographiques et moteurs de recherche
        - Créer et gérer une base de données bibliographique informatisée
        - Réaliser et rédiger une synthèse bibliographique sur un thème en lien avec son stage de rec

      • Ecologie : concepts et méthodes (5 ECTS)

        A l’issue de l’enseignement, l’étudiant est capable de :
        - Traiter une problématique en écologie.
        - Analyser des données écologiques
        - Ecrire des modèles paramètriques statistiques, les analyser
        - Définir un problème fondamental en écologie
        - Apporter des solutions appliquées en utilisant les connaissances fondamentales en écologie
        - Mettre au point un protocole expérimental adapté à une question écologique, le traduire en modèle statistiques
        - Compétences additionnelles et transversales : programmation sous R, analyse de données sour R, apprendre à
        mettre en place une démarche scientifique pour répondre à une question précise.

      • Droit de l'environnement appliqué à la gestion durable (5 ECTS)

        A l’issue de l’enseignement, l’étudiant est capable de :
        - Avoir de notions du droit de l’environnement (approfondissement des bases présentées en M1 Ecologie), les
        méthodologies d’application de la réglementation (études d’impact, enquêtes publiques etc)
        - Gérer une réunion de concertation

  • Semestre 4
    • Liste des UEs obligatoires
      • Stage de longue durée individuel coloration recherche (30 ECTS)

      • Stage de longue durée individuel coloration pro (30 ECTS)

  • Semestre 1
    • Liste des UEs obligatoires
      • Biologie évolutive (5 ECTS)

        Comprendre les mécanismes sous-jacents aux changements évolutifs et les conséquences de ces derniers. Ici sont présentés les aspects directement liés aux processus évolutifs majeurs en microévolution et génétique des populations. Les conséquences écologiques figurent dans l'UE de Dynamique des Population et Écologie Évolutive.

        Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales dans le domaine des sciences de l’évolution : notion de synthèse néodarwinienne, d’évolution des fréquences de gènes dans l’espace et dans le temps, d’outils moléculaires pour appréhender la diversité génétique, d’avantages et de coûts du sexe, de plasticité phénotypique et d’adaptation locale, d’apparentement génétique et ses conséquences en termes de consanguinité et de coopération, d’évolution neutre et adaptative.

        Compétences  :

        - déterminer les structures génotypiques attendues sous divers équilibre dépendant du régime de reproduction ; analyse de l’apparentement génétique

        - déterminer les niveaux de différenciation génétique entre populations et les inférences que l’on peut y faire en termes de flux géniques.

        - déterminer la taille efficace d’une population par approche directe et indirecte.

        - savoir se forger un jugement sur les notions d’adaptation et de sélection naturelle sur des recherches fondamentales ayant un aspect sociétal et des applications pratiques en termes de gestion de la biodiversité (diffusion de traits génétiquement modifiés dans la nature, influence de la consanguinité en population naturelle).

        - Compétences additionnelles et transversales : mise en place d’un protocole, rédaction d’un rapport scientifique, réalisation de mesures phénotypiques, analyses statistiques sous R.

      • Estimation et conservation de la biodiversité (5 ECTS)

        Appréhender les concepts d'écologie, de biologie évolutive, et de géographie sur lesquels s'appuie la biologie de la conservation. Se familiariser avec les approches méthodologiques utilisées pour l'estimation de la biodiversité, tant aux échelles locales que globales, et pour la conservation des espèces menacées. Analyser et replacer dans leur contexte les résultats d'une publication en biologie de la conservation. Mettre en œuvre sur le terrain les techniques de dénombrement de la faune avicole.

        Connaissances  : Connaissances sur les fondements théoriques de la biologie de la conservation: les concepts d'espèce; la définition d'une espèce menacée; la dépression de consanguinité et le fardeau génétique; les stochasticités démographiques et environnementales; l'effet Allee; le vortex d'extinction. Connaissances sur les outils méthodologiques mis en œuvre pour estimer la biodiversité et pour mettre en place un programme de conservation d'une espèce menacée.

        Compétences  :

        - pouvoir faire l'inventaire des choix stratégiques à effectuer pour la mise en place d'un programme de conservation, et utiliser les outils décisionnels pour orienter ces choix

        - utiliser des critères objectifs pour déterminer le niveau de menace pesant sur une espèce.

        - discuter des avantages et limites des principales méthodes de dénombrement de la faune avicole

        - Compétences additionnelles et transversales : compréhension d'un article scientifique en anglais; analyse critique d'un article; présentation orale; rédaction d'un rapport individuel.

      • Dynamique des populations, interactions et communautés (5 ECTS)

        Comprendre les mécanismes sous-jacents aux variations de taille des populations, du fait notamment des interactions interspécifiques. Comprendre comment ces variations de taille influe la dynamique à l'échelle des communautés et des réseaux d'interactions, par exemple trophique. Comprendre les relations mutuelles entre biodiversité, dynamique des communautés et fonctionnement des écosystèmes.

        Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentale en écologie des populations, des réseaux d'interaction et des communautés : dynamique des populations, démographie, dispersion, épidémiologie, prédation, mutualisme, stabilité des réseaux trophiques et d'interaction, lien entre diversité et fonctionnement des communautés et des écosystèmes, dispersion, théorie neutre de la biodiversité. Compréhension des processus stochastiques et déterministes, et de leur différence.

        Compétences  :

        - Modéliser l'évolution de la taille des populations dans différents contextes

        - Comparer les prédictions théoriques et les observations empiriques

        - Expliquer les processus et mécanismes responsables de l'augmentation ou de la décroissance de la biodiversité

        - Prédire et expliquer les extinctions d'espèce et leur impact à l'échelle des communautés, des réseaux d'interaction et des écosystèmes.

        - Savoir dans quelles conditions la biodiversité est-elle favorable ou non à la stabilité des écosystèmes, et pourquoi.

        - Prédire l'impact des activités humaines sur les ressources naturelles et l'évolution des populations

        - Prédire l'impact de l'évolution des ressources naturelles sur l'écologie de l'homme.

        - Compétences additionnelles et transversales : programmation sous R, apprendre à mettre en place une démarche scientifique pour répondre à une question précise ; apprendre à lire, comprendre et critiquer un article scientifique.

      • Ecologie des communautés et écosystèmes: bases fondamentales (5 ECTS)

        Appréhender les concepts théoriques d’écologie des communautés et assemblages d’espèces, découvrir les interactions interspécifiques et les adaptations de communautés animales et végétales terrestres, dulçaquicoles et marines. Comprendre les notions théoriques, les appréhender par des résultats d’études scientifiques mais aussi les intégrer à un contexte concret et appliqué : gestion des écosystèmes, fonctionnement des écosystèmes et services écosystémiques.

        Connaissances  : Connaissances sur les théories des assemblages d’espèces et de la relation biodiversité-fonctionnement des écosystèmes. Connaissances naturalistes sur des espèces majeures et représentatives des communautés étudiées. Connaissances sur les cycles biogéochimiques et sur la gestion des habitats naturels et semi naturels.

        Compétences  :

        - pouvoir faire le lien entre les notions théoriques (abordées dans différents cours) et les connaissances concrètes naturalistes, de terrain, de modalités de gestion des habitats.

        - identifier, avec le recul apporté par les connaissances scientifiques, la nécessité et les méthodes de gestion des habitats.

        - Compétences additionnelles et transversales : analyse critique d'un protocole; questionnement scientifique ; analyse de résultats et découverte de méthodes statistiques.

      • Biostatistiques approfondies (5 ECTS)

        Donner aux étudiants des outils performants pour analyser les données écologiques provenant tant de la récolte d’organismes que des mesures de paramètres environnementaux obtenues via des sondes autonomes. Application sur support informatique.

        Connaissances  : Connaissances théoriques sur des outils statistiques élaborés, leur construction, leur conditions d’application. Connaissance pratique sur la mise en œuvre de ces outils, à partir de base de données biologiques.

        Compétences  :

        - Faire appel à des connaissances dans le domaine des mathématiques.

        - Poser une problématique et choisir les outils adéquats pour y répondre.

        - Comprendre et Interpréter les résultats.

        Compétences additionnelles et transversales :

        - Pratiquer des logiciels de traitements de données actuels.

        - Mettre en forme et gérer des bases de données.

      • Anglais scientifique (5 ECTS)

        Consolider et approfondir les compétences orales (compréhension et expression) en anglais. Permettre aux étudiants d’acquérir les outils nécessaires à la présentation en anglais d’une publication scientifiques. Apprendre à synthétiser le contenu scientifique d’une publication exposant l’état de l’art d’un domaine de recherche en biologie évolutive, océanologie ou écotoxicologie.

        Connaissances  :

        - L’anglais de la présentation et de l’interaction.

        - Approfondissement des connaissances lexicales et grammaticales.

        - Appropriation d’une thématique scientifique

         

        Compétences  :

        - Compréhension orale

        - expression orale en anglais

        - Capacité à interagir avec un ou plusieurs interlocuteurs.

        - Savoir utiliser les outils informatiques en parallèle avec le discourt.

        - travail de synthèse de document écrit ou sonore.

  • Semestre 2
    • Liste des UEs obligatoires
      • Projet personnel (10 ECTS)

        Acquérir une expérience de travail en entreprise publique ou privée, en milieu associatif ou dans un laboratoire de recherche, sous la responsabilité d'un maître de stage. Immersion dans le milieu professionnel de la recherche scientifique ou celui de l'étude et de la gestion des écosystèmes naturels et anthropisés. Apprentissage de la rédaction d'un rapport d'activité comprenant notamment l'analyse statistique et l'interprétation des données obtenues.

        Connaissances  :

        Les connaissances acquises dépendront de la nature du projet personnel, de la problématique et de la structure d'accueil, mais seront en adéquation avec les objectifs du master, c'est-à-dire en lien avec l'écologie. Elles seront donc de nature diverse : reconnaissance et inventaire d'espèces, manipulations en laboratoire, etc.

        Compétences :

        - Définir une problématique et élaborer la démarche scientifique pour y répondre

        - Effectuer une recherche bibliographique pour connaître l’état de l’art.

        - Acquérir des données en laboratoire et/ou sur le terrain

        - Analyser les données, notamment par des méthodes statistiques

        - Interpréter les résultats, en évaluer la qualité et la pertinence pour répondre la problématique de départ.

        Compétences transversales :

        - Reformuler le travail et le synthétiser

        - Construire et développer une argumentation

        - Retransmettre l'étude de manière écrite et orale sous un format scientifique.

         

    • Liste des UEs optionnelles
      • Méthodes d'échantillonnage et modélisation des écosystèmes (5 ECTS)

        Aborder la notion de complexité des écosystèmes dans son ensemble sous deux aspects : i) en amont, la planification et la préparation de l’étude (les stratégies d’échantillonnage), ii) en aval, la capacité de synthèse et de compréhension du fonctionnement d’un écosystème (initiation à la modélisation et projet tutoré). L’UE est transversale puisque elle couvre tous les écosystèmes et fait le lien entre plusieurs disciplines s’intéressant à l’individu, à la population et la communauté.

        Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales dans le domaine des sciences écologiques : comment aborder une question écologique, théorie de l’échantillonnage, les contraintes de l’échantillonnage liés à l’hétérogénéité spatio-temporelle et aux multitudes d’échelles, comparaison et classification des écosystèmes, les différentes approches de modélisation allant de l’empirisme aux outils de simulation émergents.

        Compétences  :

        - Proposer une démarche scientifique cohérente pour répondre à une question écologique ; identification des enjeux réels dans chaque étude.

        - Identifier les échelles spatiotemporelles caractéristiques des variables étudiées.

        - Élaborer des stratégies d’échantillonnage, estimer l’effort d’échantillonnage optimal et analyser les contraintes imposées par le cadre de l’étude.

        - savoir identifier les différentes approches de modélisation et développer l’esprit critique envers les limites de chaque approche.

        Compétences additionnelles et transversales :

        - Proposer un schéma conceptuel synthétique

        - Travailler en groupe pour réaliser un projet tutoré

        - Rédiger un rapport synthétique et communiquer oralement

        - Réaliser des simulations en utilisant un outil de modélisation informatique.

      • Communautés animales et végétales terrestres: sorties (5 ECTS)

        Le but de cette UE est de découvrir concrètement les groupements végétaux et animaux d'écosystèmes régionaux terrestres et dulçaquicoles tels que ceux découverts lors du module « Écologie des communautés et écosystèmes : bases fondamentales ». Les connaissances naturalistes seront particulièrement approfondies.

        Connaissances  : Connaissances naturalistes et systématiques sur les espèces des communautés rencontrées. Méthodes de détermination. Méthodes de recensement. Évaluation de la qualité des milieux et gestion des milieux.

        Compétences  :

        • Acquisition des méthodes de détermination et d’apprentissage des connaissances concrètes naturalistes.
        • Analyse de la qualité et des potentialités des milieux.

        Compétences additionnelles et transversales : travail de terrain, organisation, travailler en groupe.

      • Droit de l'environnement (5 ECTS)

        Découvrir les rôles du Droit de l'environnement face aux enjeux environnementaux. Connaître des bases du droit de l’environnement et ses outils pour être plus efficient dans une activité de préservation de l'environnement et de la nature.

        Connaissances  : les enjeux environnementaux, les bases du droit de l’environnement et de son organisation, les grandes lois environnementales.

        Compétences  :

        • Appréhender un texte de loi
        • Utiliser un Code juridique
        • Organiser ses connaissances en matière de droit de l’environnement

        Savoir se forger un jugement sur les principes et outils du droit de l’environnement

      • Méthodes d'étude de l'évolution (5 ECTS)

        Se familiariser avec différentes façons d’appréhender les phénomènes macroévolutifs. Comprendre les avantages et les limites de chaque approche et savoir en interpréter les résultats.

        Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales dans le domaine des sciences de l’évolution. Les notions abordées sont les suivantes : synthèse néodarwinienne de l'évolution, mathématiques et statistiques utilisées en modélisation et phylogénie, modalités et rythmes de l'évolution, relation développement et évolution, évolution des éléments transposables et des introns, duplication du génome, transferts horizontaux, grands débats autour de la macroévolution (niveau d’action de la sélection, développement et théorie de l’évolution, la théorie de l’évolution appliquée aux sciences humaines et sociales, …).

        Compétences  :

        - Analyse des données génétiques, reconstruction d’arbres phylogénétiques suivant plusieurs méthodes, avoir un regard critique sur ces méthodes.

        - Avoir une réflexion sur le cadre théorique dans lequel s’insère la biologie de l’évolution et sur ses conséquences sociétales. Réflexion épistémologique.

        - Compétences additionnelles et transversales : compréhension de l’anglais au travers de cours et d’articles scientifiques ; analyse critique d'un article; présentation orale.

      • Ecotoxicologie approfondie (5 ECTS)

        Comprendre l’écotoxicologie dans sa dimension « éco », à savoir que l’impact des polluants, et notamment des substances toxiques, se traduit précocement aux bas niveaux (biochimiques, moléculaires, cellulaires) de l’organisation biologique, mais que l’enjeu in fine se situe aux niveaux supérieurs, allant de l’individu à l’écosystème, en passant par les populations et les communautés. Cette vision multi-niveaux (et multi-échelles) repose sur la connaissance des liens existant entre les processus d’ordre toxicologique (infra-individuels) et les processus écologiques (traits de vie, effets sur les populations, sélection, atteintes à la diversité,…).

        Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales en écotoxicologie : mécanismes biochimiques et physiologiques impactés par les toxiques ; mécanismes de détoxication ; biomarqueurs moléculaires, physiologiques et comportementaux, génotoxicité ; effets des toxiques sur les traits de vie et au niveau des populations et communautés ; applications au diagnostic écotoxicologique (tests de toxicité/écotoxicité ; biomarqueurs d’exposition et d’effets ; indicateurs écologiques, …). Introduction à la problématique de remédiation/restauration des écosystèmes contaminés.

        Compétences  :

        - diagnostic sur écosystèmes pollué : choix de biomarqueurs et indicateurs écologiques pertinents eu égard à la nature (simple ou complexe) de la contamination.

        - aptitude à appréhender les problèmes écotoxicologiques à différentes échelles, et à plusieurs niveaux

        - connaissance des principaux modèles biologiques utilisés en écotoxicité, et sensibilisation à l’emploi conjugué de stratégies de terrain et de micro/mésocosmes

        - capacité de recherche bibliographique et de synthèse, rédaction d’un rapport scientifique, réalisation d’une affiche, exposé oral avec débat.

      • Approches expérimentales en écologie (5 ECTS)

        Apprendre à mettre en place un protocole expérimental pour répondre à une question en écologie fondamentale ou appliquée. Apprendre à déterminer dès la phase de mise en place du protocole les analyses statistiques qui permettront de traiter les données. S’entraîner à manipuler un jeu de données, l’analyser et l’interpréter. Développer son sens critique vis-à-vis des protocoles et études menées par d’autres.

        Connaissances  : Principaux types d’approches empiriques utilisées en écologie, principaux types de protocoles, analyses statistiques de jeux de données.

        Compétences  (acquises via des travaux personnels en binôme):

        - mise en place un protocole expérimental en adéquation à la question posée et aux contraintes logistiques liées au modèle biologie et à la question.

        - manipulation d’un jeu de données (tableur Excel et R)

        - choix et réalisation d’analyses statistiques adéquates au regard d’un jeu de données et d’une question (R)

        - évaluation du protocole et des analyses d’un autre groupe d’étudiants, développement d’un sens critique.

      • Génétique évolutive expérimentale (5 ECTS)

        Amener les étudiants à mettre en application les concepts de génétique évolutive enseignés au cours des UE précédentes (M1-S1 et licence) au travers de travaux pratiques menant à l'acquisition, l'analyse et l'interprétation de données expérimentales d'écologie moléculaire.

        Connaissances  : Approfondissement des connaissances sur les concepts associés à la définition de stratégies d'échantillonnage et de protocoles expérimentaux. Approfondissement des connaissances sur les méthodes d'analyse de données moléculaires. Initiation au développement et au suivi d'un projet de recherche.

        Compétences  :

        - Définition et acquisition d'un échantillonnage biologique pour répondre à une question scientifique ;

        - Utilisation de technique de biologies moléculaires utilisées en écologie évolutive (extraction d' ADN, PCR, génotypage, séquençage) ;

        - Utilisation d'outils statistiques d'analyse de données moléculaire ;

        - Interprétation et restitution de données scientifique et de résultats d'analyse ;

        - Compétences additionnelles et transversales : utilisation d'outils bio-informatiques (lecture de manuel d'utilisation, préparation de fichiers d'entrée, lecture de fichier de sortie), lecture critique d'articles scientifiques, communication scientifique.

      • Ecosystèmes marins : fonctionnement et écophysiologie (5 ECTS)

        Acquérir les connaissances pratiques et théoriques du fonctionnement des écosystèmes marins et des adaptations écophysiologiques des organismes végétaux et animaux qui les composent au cours d’un stage de terrain au Département Station Marine de l’Université de Lille 1. Des expérimentations en laboratoire seront proposées afin d’étudier les réponses des organismes au contraintes du milieu (Echantillonnages, Analyses, Interprétations). En complément des cours, un travail personnel sur des publications scientifiques en liaison avec les thèmes abordés sera demandé aux étudiants.

        Connaissances  : Connaissances spécialisées dans le domaine de l’écologie et de l’écophysiologie Marine tant animale que végétale. L’UE permet de balayer l’ensemble des connaissances nécessaires de l’échantillonnage à l’interprétation écologique.

        Compétences  :

        - Choisir et caractériser le plan d’échantillonnage ou d’expérimentation.

        - Mettre en œuvres des techniques de prélèvements, d’analyses et de mesure dans le domaine de l’Ecologie et de l’Ecophysiologie.

        - Effectuer le traitement élémentaire des données (représentations, statistiques…).

        - Interpréter les données et rédiger un rapport technique.

        - Paramétrer les processus physicochimiques et biologiques des écosystèmes à l’aide de modèle conceptuel graphique (STELLA)

        Compétences additionnelles et transversales  :

        - Comprendre un article scientifique en anglais.

        - Synthèse orale à partir d’une base documentaire.

      • Ecosystèmes marins : exploitation et gestion (5 ECTS)

        Aborder le monde professionnel lié au domaine marin à travers des visites, des sorties sur le terrain, des rencontres avec des professionnels et des applications pratiques au laboratoire au cours d’un stage de terrain au Département Station Marine de l’Université de Lille 1. Les thèmes étudiés iront de l’aquariologie muséographique à la pêche industrielle, en passant par l’aquaculture et aborderont la gestion des écosystèmes naturels. Cours et TD permettront d’acquérir des connaissances académiques sur ces thématiques pratiques.

        Connaissances  : Exemple d’exploitations des ressources marines et de gestion intégrée des Ecosystèmes côtiers.

        Compétences  :

        - Appréhender les enjeux de gestion intégrée dans le domaine marin

        - Comprendre le contexte socio-économique

        - Interagir avec le milieu professionnel

        Compétences additionnelles et transversales :

        - Rédiger des notes de synthèse

        - Réussir ses interactions en groupe de travail

  • Semestre 3
    • Liste des UEs obligatoires
      • Approche du monde professionnel (2 ECTS)

        Faciliter l’entrée de l’étudiant dans le monde professionnel à la fin de sa formation. A l’issue de cette UE, l’étudiant devra être capable : de conduire et gérer un projet professionnel personnel ; d’avoir une vision globale des métiers et débouchées dans sa spécialité; d’identifier les partenaires impliqués dans la recherche fondamentale et appliquée à la connaissance et surveillance des écosystèmes marins, leur conservation et gestion intégrée,  de comprendre les modalités de recrutement, de développer et d’aller à l’encontre aller à la rencontre de son réseau développé au préalable.

      • Outils géomatiques appliqués à l'écologie (5 ECTS)

        L’évolution et la richesse des données géographiques imposent de maitriser les principes de la géomatique (géolocalisation, SIG, cartographie, géostatistiques…) pour traiter et formaliser efficacement les problématiques et les enjeux environnementaux modernes. Dans ce cadre général, les objectifs de l’UE sont à la fois de disposer d’un niveau d’expertise général sur les Systèmes d’Information Géographique à leur mise en œuvre, et de maitriser les géo-traitements en lien avec l’analyse spatiale et la gestion de bases de données géographiques et écologiques. L’UE prépare à l’ensemble des métiers de l’étude et de la gestion de l’environnement au sens le plus large. En effet, les Systèmes d’Information Géographiques sont utilisées à tous les niveaux dans des domaines variés comme la surveillance de la qualité des milieux, de la prévention des risques, de l’évolution des écosystèmes, ou de la gestion des espèces exploitées.

      • Projet en communication scientifique (5 ECTS)

        Comprendre et intégrer les principes de la communication scientifique par le biais des supports les plus usuellement mis en œuvre (poster, conférence, communication orale, rapport écrit). Les principaux moteurs de recherche bibliographiques sont présentés ainsi que la création/gestion des bases de données bibliographiques. La réalisation d’une synthèse bibliographique sur un thème en lien avec le stage (parcours Rech) ou une problématique environnementale littorale et marine (parcours Pro) est envisagée permettant une familiarisation à l’anglais scientifique. Les résultats sont présentés oralement (diaporama, exposition, conférence) et iconographiquement (poster) sous forme :

        -D’une conférence de vulgarisation à destination des acteurs du milieu marin et du grand public. Cette conférence est organisée par les étudiants ayant choisi un projet Pro leur permettant ainsi de développer une liste de contact professionnel et les formera à l’organisation d’évènements scientifiques (publicité, contacts avec les médias). 

        -D’une session scientifique de présentation de posters devant un jury d’enseignant-chercheurs, organisée au laboratoire (UMR LOG) par les étudiants ayant un projet tourné vers la recherche. Cette session permet une présentation des posters à un public scientifique d’étudiants (Master 1), d’enseignants-chercheurs et de personnels techniques.

    • Liste des UEs optionnelles
      • Droit et aménagement intégré de la mer et du littoral (4 ECTS)

        - Connaitre les dispositions juridiques internationales sur le droit de la mer ( CNUDM), les engagements pris par les États dans le cadre des objectifs marins de la convention sur la diversité biologique, les traités environnementaux, les conventions régionales sur les mers,

        - Connaitre les Directives Européennes, notamment la Directive cadre stratégique sur le milieu marin, la Directive sur la planification spatiale marine et la Directive Habitats.

        - Connaitre les outils législatifs et réglementaires français pour la protection de la mer et du littoral, et les politiques d’aménagement intégré et de gestion durable de l’espace littoral et des écosystèmes marins.

         

      • Atelier Modélisation (2 ECTS)

        L’objectif de cet enseignement est de présenter aux étudiants différentes approches numériques utilisées dans le traitement de l’information, l’analyse des données et la modélisation des écosystèmes (systèmes environnementaux en général).

      • Atelier Gestion Intégrée (2 ECTS)

        Appréhender, par des cas pratiques, la gestion intégrée des zones littorales en rencontrant les professionnels acteurs de cette gestion sur leur terrain de compétence. Les exemples porteront sur des sites régionaux choisis pour leur représentativité en termes d'usages ou en termes d'intervention professionnel.

      • Atelier Indicateurs (2 ECTS)

        Maîtriser les différents indicateurs utilisés pour caractériser la qualité écologique des milieux marins.

      • Couplage physique/biologie (4 ECTS)

        Accéder à la pluridisciplinarité nécessaire à la recherche en océanologie par la compréhension des bases de l’océanographie physique et de l’optique marine, ainsi que de leur rôle dans la structuration et le fonctionnement des écosystèmes marins. Comprendre l’intérêt de cette pluridisciplinarité au travers du couplage entre les phénomènes physiques et biologiques observées à différentes échelles en milieu marin.

        A l’issue de l’enseignement, l’étudiant est capable de caractériser l’état turbulent d’une masse d’eau, de connaître les principes de la détermination de la biomasse et de la production primaire par télédétection, de déterminer les couplages existant entre la physique et la biologie selon les échelles d’observation, interactions entre échelles et de juger de l’implication de ces couplages quant à la répartition des (micro)organismes et la production des écosystèmes marins.

      • Ecophysiologie et adaptations (4 ECTS)

        Appréhender les réponses à différents niveaux d'organisation biologique, de la cellule à l'organisme, pour décrypter les adaptations et réponses fonctionnelles des organismes marins aux principaux forçages environnementaux. Aborder l’impact que les changements environnementaux, induits ou non par l’homme, peuvent avoir sur les producteurs primaires et secondaires, et la capacité de ces derniers à s’adapter à ces changements. Comprendre, en intégrant réponses morphologiques, physiologiques et/ou comportementales, comment les organismes  animaux et végétaux font face à ces contraintes.

      • Structure et fonctionnement des écosystèmes marins (4 ECTS)

        To acquire a global, but precise view of the structure, function, and evolution of marine ecosystems.

        To understand their basic features, in particular the complexity of pelagic and benthic processes, and the benthic-pelagic coupling in different types of marine ecosystems.

        To discover their complex trophic relationships, and understand the mechanisms underlying their operation.

        To position the functioning of marine ecosystems in a current context of global change through examples of pelagic ecosystem response to hydroclimatic forcing.

      • Impact anthropique sur les écosystèmes littoraux (4 ECTS)

        Comprendre comment les différents aménagements et empreintes des activités humaines (impacts anthropiques) modifient la trajectoire des écosystèmes sous les contraintes climatiques. Appréhender la complexité des réponses des écosystèmes à ces impacts anthropiques. Intégrer l’homme dans les anthropo-systèmes pour en assurer leur développement durable. Comprendre comment les aménagements et les activités humaines peuvent avoir des impacts sur la dynamique morphologique des côtes et accroître leur sensibilité aux risques naturels (érosion, submersion marine, avancées dunaires). Appréhender les effets des activités anthropiques sur les processus morpho-sédimentaires littoraux. 

      • Atelier Biogéochimie aux Interfaces (2 ECTS)

        Acquérir un savoir-faire pratique sur les différents types d’expérimentations et de mesures qui peuvent être effectuées au niveau des interfaces eau-sédiment et air-sédiment. Appréhender la constitution d’un protocole expérimental adéquat, sa mise en œuvre, l’analyse des résultats qui en proviennent et leur mise en forme, dans le cadre d’une approche en équipe.

      • Atelier Biologie Moléculaire et Bio-informatique (2 ECTS)

        Acquérir une connaissance globale des techniques de biologie moléculaire appliquées à l’étude des écosystèmes, ainsi que des outils bio-informatiques nécessaire à l’analyse de données. Les exemples d’études porteront sur les problématiques concrètes rencontrées dans les laboratoires de recherche en matière d’identification de la biodiversité, de la notion d’espèce au sens moléculaire au terme jusqu’à l’analyse génomique via l’utilisation des ressources bio-informatiques disponibles.

  • Semestre 4
    • Liste des UEs obligatoires
      • Stage longue durée (30 ECTS)

        Acquérir une expérience de travail en entreprise publique ou privée, en milieu associatif ou dans un laboratoire de recherche, sous la responsabilité d'un maître de stage. Immersion dans le milieu professionnel de la recherche scientifique ou celui de l'étude et de la gestion des écosystèmes naturels et anthropisés. 

  • Semestre 1
    • Liste des UEs obligatoires
      • Biologie évolutive (5 ECTS)

        Comprendre les mécanismes sous-jacents aux changements évolutifs et les conséquences de ces derniers. Ici sont présentés les aspects directement liés aux processus évolutifs majeurs en microévolution et génétique des populations. Les conséquences écologiques figurent dans l'UE de Dynamique des Population et Écologie Évolutive.

        Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales dans le domaine des sciences de l’évolution : notion de synthèse néodarwinienne, d’évolution des fréquences de gènes dans l’espace et dans le temps, d’outils moléculaires pour appréhender la diversité génétique, d’avantages et de coûts du sexe, de plasticité phénotypique et d’adaptation locale, d’apparentement génétique et ses conséquences en termes de consanguinité et de coopération, d’évolution neutre et adaptative.

        Compétences  :

        - déterminer les structures génotypiques attendues sous divers équilibre dépendant du régime de reproduction ; analyse de l’apparentement génétique

        - déterminer les niveaux de différenciation génétique entre populations et les inférences que l’on peut y faire en termes de flux géniques.

        - déterminer la taille efficace d’une population par approche directe et indirecte.

        - savoir se forger un jugement sur les notions d’adaptation et de sélection naturelle sur des recherches fondamentales ayant un aspect sociétal et des applications pratiques en termes de gestion de la biodiversité (diffusion de traits génétiquement modifiés dans la nature, influence de la consanguinité en population naturelle).

        - Compétences additionnelles et transversales : mise en place d’un protocole, rédaction d’un rapport scientifique, réalisation de mesures phénotypiques, analyses statistiques sous R.

      • Estimation et conservation de la biodiversité (5 ECTS)

        Appréhender les concepts d'écologie, de biologie évolutive, et de géographie sur lesquels s'appuie la biologie de la conservation. Se familiariser avec les approches méthodologiques utilisées pour l'estimation de la biodiversité, tant aux échelles locales que globales, et pour la conservation des espèces menacées. Analyser et replacer dans leur contexte les résultats d'une publication en biologie de la conservation. Mettre en œuvre sur le terrain les techniques de dénombrement de la faune avicole.

        Connaissances  : Connaissances sur les fondements théoriques de la biologie de la conservation: les concepts d'espèce; la définition d'une espèce menacée; la dépression de consanguinité et le fardeau génétique; les stochasticités démographiques et environnementales; l'effet Allee; le vortex d'extinction. Connaissances sur les outils méthodologiques mis en œuvre pour estimer la biodiversité et pour mettre en place un programme de conservation d'une espèce menacée.

        Compétences  :

        - pouvoir faire l'inventaire des choix stratégiques à effectuer pour la mise en place d'un programme de conservation, et utiliser les outils décisionnels pour orienter ces choix

        - utiliser des critères objectifs pour déterminer le niveau de menace pesant sur une espèce.

        - discuter des avantages et limites des principales méthodes de dénombrement de la faune avicole

        - Compétences additionnelles et transversales : compréhension d'un article scientifique en anglais; analyse critique d'un article; présentation orale; rédaction d'un rapport individuel.

      • Dynamique des populations, interactions et communautés (5 ECTS)

        Comprendre les mécanismes sous-jacents aux variations de taille des populations, du fait notamment des interactions interspécifiques. Comprendre comment ces variations de taille influe la dynamique à l'échelle des communautés et des réseaux d'interactions, par exemple trophique. Comprendre les relations mutuelles entre biodiversité, dynamique des communautés et fonctionnement des écosystèmes.

        Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentale en écologie des populations, des réseaux d'interaction et des communautés : dynamique des populations, démographie, dispersion, épidémiologie, prédation, mutualisme, stabilité des réseaux trophiques et d'interaction, lien entre diversité et fonctionnement des communautés et des écosystèmes, dispersion, théorie neutre de la biodiversité. Compréhension des processus stochastiques et déterministes, et de leur différence.

        Compétences  :

        - Modéliser l'évolution de la taille des populations dans différents contextes

        - Comparer les prédictions théoriques et les observations empiriques

        - Expliquer les processus et mécanismes responsables de l'augmentation ou de la décroissance de la biodiversité

        - Prédire et expliquer les extinctions d'espèce et leur impact à l'échelle des communautés, des réseaux d'interaction et des écosystèmes.

        - Savoir dans quelles conditions la biodiversité est-elle favorable ou non à la stabilité des écosystèmes, et pourquoi.

        - Prédire l'impact des activités humaines sur les ressources naturelles et l'évolution des populations

        - Prédire l'impact de l'évolution des ressources naturelles sur l'écologie de l'homme.

        - Compétences additionnelles et transversales : programmation sous R, apprendre à mettre en place une démarche scientifique pour répondre à une question précise ; apprendre à lire, comprendre et critiquer un article scientifique.

      • Ecologie des communautés et écosystèmes: bases fondamentales (5 ECTS)

        Appréhender les concepts théoriques d’écologie des communautés et assemblages d’espèces, découvrir les interactions interspécifiques et les adaptations de communautés animales et végétales terrestres, dulçaquicoles et marines. Comprendre les notions théoriques, les appréhender par des résultats d’études scientifiques mais aussi les intégrer à un contexte concret et appliqué : gestion des écosystèmes, fonctionnement des écosystèmes et services écosystémiques.

        Connaissances  : Connaissances sur les théories des assemblages d’espèces et de la relation biodiversité-fonctionnement des écosystèmes. Connaissances naturalistes sur des espèces majeures et représentatives des communautés étudiées. Connaissances sur les cycles biogéochimiques et sur la gestion des habitats naturels et semi naturels.

        Compétences  :

        - pouvoir faire le lien entre les notions théoriques (abordées dans différents cours) et les connaissances concrètes naturalistes, de terrain, de modalités de gestion des habitats.

        - identifier, avec le recul apporté par les connaissances scientifiques, la nécessité et les méthodes de gestion des habitats.

        - Compétences additionnelles et transversales : analyse critique d'un protocole; questionnement scientifique ; analyse de résultats et découverte de méthodes statistiques.

      • Biostatistiques approfondies (5 ECTS)

        Donner aux étudiants des outils performants pour analyser les données écologiques provenant tant de la récolte d’organismes que des mesures de paramètres environnementaux obtenues via des sondes autonomes. Application sur support informatique.

        Connaissances  : Connaissances théoriques sur des outils statistiques élaborés, leur construction, leur conditions d’application. Connaissance pratique sur la mise en œuvre de ces outils, à partir de base de données biologiques.

        Compétences  :

        - Faire appel à des connaissances dans le domaine des mathématiques.

        - Poser une problématique et choisir les outils adéquats pour y répondre.

        - Comprendre et Interpréter les résultats.

        Compétences additionnelles et transversales :

        - Pratiquer des logiciels de traitements de données actuels.

        - Mettre en forme et gérer des bases de données.

      • Anglais scientifique (5 ECTS)

        Consolider et approfondir les compétences orales (compréhension et expression) en anglais. Permettre aux étudiants d’acquérir les outils nécessaires à la présentation en anglais d’une publication scientifiques. Apprendre à synthétiser le contenu scientifique d’une publication exposant l’état de l’art d’un domaine de recherche en biologie évolutive, océanologie ou écotoxicologie.

        Connaissances  :

        - L’anglais de la présentation et de l’interaction.

        - Approfondissement des connaissances lexicales et grammaticales.

        - Appropriation d’une thématique scientifique

         

        Compétences  :

        - Compréhension orale

        - expression orale en anglais

        - Capacité à interagir avec un ou plusieurs interlocuteurs.

        - Savoir utiliser les outils informatiques en parallèle avec le discourt.

        - travail de synthèse de document écrit ou sonore.

  • Semestre 2
    • Liste des UEs obligatoires
      • Projet personnel (10 ECTS)

        Acquérir une expérience de travail en entreprise publique ou privée, en milieu associatif ou dans un laboratoire de recherche, sous la responsabilité d'un maître de stage. Immersion dans le milieu professionnel de la recherche scientifique ou celui de l'étude et de la gestion des écosystèmes naturels et anthropisés. Apprentissage de la rédaction d'un rapport d'activité comprenant notamment l'analyse statistique et l'interprétation des données obtenues.

        Connaissances  :

        Les connaissances acquises dépendront de la nature du projet personnel, de la problématique et de la structure d'accueil, mais seront en adéquation avec les objectifs du master, c'est-à-dire en lien avec l'écologie. Elles seront donc de nature diverse : reconnaissance et inventaire d'espèces, manipulations en laboratoire, etc.

        Compétences :

        - Définir une problématique et élaborer la démarche scientifique pour y répondre

        - Effectuer une recherche bibliographique pour connaître l’état de l’art.

        - Acquérir des données en laboratoire et/ou sur le terrain

        - Analyser les données, notamment par des méthodes statistiques

        - Interpréter les résultats, en évaluer la qualité et la pertinence pour répondre la problématique de départ.

        Compétences transversales :

        - Reformuler le travail et le synthétiser

        - Construire et développer une argumentation

        - Retransmettre l'étude de manière écrite et orale sous un format scientifique.

         

    • Liste des UEs optionnelles
      • Méthodes d'échantillonnage et modélisation des écosystèmes (5 ECTS)

        Aborder la notion de complexité des écosystèmes dans son ensemble sous deux aspects : i) en amont, la planification et la préparation de l’étude (les stratégies d’échantillonnage), ii) en aval, la capacité de synthèse et de compréhension du fonctionnement d’un écosystème (initiation à la modélisation et projet tutoré). L’UE est transversale puisque elle couvre tous les écosystèmes et fait le lien entre plusieurs disciplines s’intéressant à l’individu, à la population et la communauté.

        Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales dans le domaine des sciences écologiques : comment aborder une question écologique, théorie de l’échantillonnage, les contraintes de l’échantillonnage liés à l’hétérogénéité spatio-temporelle et aux multitudes d’échelles, comparaison et classification des écosystèmes, les différentes approches de modélisation allant de l’empirisme aux outils de simulation émergents.

        Compétences  :

        - Proposer une démarche scientifique cohérente pour répondre à une question écologique ; identification des enjeux réels dans chaque étude.

        - Identifier les échelles spatiotemporelles caractéristiques des variables étudiées.

        - Élaborer des stratégies d’échantillonnage, estimer l’effort d’échantillonnage optimal et analyser les contraintes imposées par le cadre de l’étude.

        - savoir identifier les différentes approches de modélisation et développer l’esprit critique envers les limites de chaque approche.

        Compétences additionnelles et transversales :

        - Proposer un schéma conceptuel synthétique

        - Travailler en groupe pour réaliser un projet tutoré

        - Rédiger un rapport synthétique et communiquer oralement

        - Réaliser des simulations en utilisant un outil de modélisation informatique.

      • Communautés animales et végétales terrestres: sorties (5 ECTS)

        Le but de cette UE est de découvrir concrètement les groupements végétaux et animaux d'écosystèmes régionaux terrestres et dulçaquicoles tels que ceux découverts lors du module « Écologie des communautés et écosystèmes : bases fondamentales ». Les connaissances naturalistes seront particulièrement approfondies.

        Connaissances  : Connaissances naturalistes et systématiques sur les espèces des communautés rencontrées. Méthodes de détermination. Méthodes de recensement. Évaluation de la qualité des milieux et gestion des milieux.

        Compétences  :

        • Acquisition des méthodes de détermination et d’apprentissage des connaissances concrètes naturalistes.
        • Analyse de la qualité et des potentialités des milieux.

        Compétences additionnelles et transversales : travail de terrain, organisation, travailler en groupe.

      • Droit de l'environnement (5 ECTS)

        Découvrir les rôles du Droit de l'environnement face aux enjeux environnementaux. Connaître des bases du droit de l’environnement et ses outils pour être plus efficient dans une activité de préservation de l'environnement et de la nature.

        Connaissances  : les enjeux environnementaux, les bases du droit de l’environnement et de son organisation, les grandes lois environnementales.

        Compétences  :

        • Appréhender un texte de loi
        • Utiliser un Code juridique
        • Organiser ses connaissances en matière de droit de l’environnement

        Savoir se forger un jugement sur les principes et outils du droit de l’environnement

      • Méthodes d'étude de l'évolution (5 ECTS)

        Se familiariser avec différentes façons d’appréhender les phénomènes macroévolutifs. Comprendre les avantages et les limites de chaque approche et savoir en interpréter les résultats.

        Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales dans le domaine des sciences de l’évolution. Les notions abordées sont les suivantes : synthèse néodarwinienne de l'évolution, mathématiques et statistiques utilisées en modélisation et phylogénie, modalités et rythmes de l'évolution, relation développement et évolution, évolution des éléments transposables et des introns, duplication du génome, transferts horizontaux, grands débats autour de la macroévolution (niveau d’action de la sélection, développement et théorie de l’évolution, la théorie de l’évolution appliquée aux sciences humaines et sociales, …).

        Compétences  :

        - Analyse des données génétiques, reconstruction d’arbres phylogénétiques suivant plusieurs méthodes, avoir un regard critique sur ces méthodes.

        - Avoir une réflexion sur le cadre théorique dans lequel s’insère la biologie de l’évolution et sur ses conséquences sociétales. Réflexion épistémologique.

        - Compétences additionnelles et transversales : compréhension de l’anglais au travers de cours et d’articles scientifiques ; analyse critique d'un article; présentation orale.

      • Ecotoxicologie approfondie (5 ECTS)

        Comprendre l’écotoxicologie dans sa dimension « éco », à savoir que l’impact des polluants, et notamment des substances toxiques, se traduit précocement aux bas niveaux (biochimiques, moléculaires, cellulaires) de l’organisation biologique, mais que l’enjeu in fine se situe aux niveaux supérieurs, allant de l’individu à l’écosystème, en passant par les populations et les communautés. Cette vision multi-niveaux (et multi-échelles) repose sur la connaissance des liens existant entre les processus d’ordre toxicologique (infra-individuels) et les processus écologiques (traits de vie, effets sur les populations, sélection, atteintes à la diversité,…).

        Connaissances  : Connaissances théoriques et fondamentales en écotoxicologie : mécanismes biochimiques et physiologiques impactés par les toxiques ; mécanismes de détoxication ; biomarqueurs moléculaires, physiologiques et comportementaux, génotoxicité ; effets des toxiques sur les traits de vie et au niveau des populations et communautés ; applications au diagnostic écotoxicologique (tests de toxicité/écotoxicité ; biomarqueurs d’exposition et d’effets ; indicateurs écologiques, …). Introduction à la problématique de remédiation/restauration des écosystèmes contaminés.

        Compétences  :

        - diagnostic sur écosystèmes pollué : choix de biomarqueurs et indicateurs écologiques pertinents eu égard à la nature (simple ou complexe) de la contamination.

        - aptitude à appréhender les problèmes écotoxicologiques à différentes échelles, et à plusieurs niveaux

        - connaissance des principaux modèles biologiques utilisés en écotoxicité, et sensibilisation à l’emploi conjugué de stratégies de terrain et de micro/mésocosmes

        - capacité de recherche bibliographique et de synthèse, rédaction d’un rapport scientifique, réalisation d’une affiche, exposé oral avec débat.

      • Approches expérimentales en écologie (5 ECTS)

        Apprendre à mettre en place un protocole expérimental pour répondre à une question en écologie fondamentale ou appliquée. Apprendre à déterminer dès la phase de mise en place du protocole les analyses statistiques qui permettront de traiter les données. S’entraîner à manipuler un jeu de données, l’analyser et l’interpréter. Développer son sens critique vis-à-vis des protocoles et études menées par d’autres.

        Connaissances  : Principaux types d’approches empiriques utilisées en écologie, principaux types de protocoles, analyses statistiques de jeux de données.

        Compétences  (acquises via des travaux personnels en binôme):

        - mise en place un protocole expérimental en adéquation à la question posée et aux contraintes logistiques liées au modèle biologie et à la question.

        - manipulation d’un jeu de données (tableur Excel et R)

        - choix et réalisation d’analyses statistiques adéquates au regard d’un jeu de données et d’une question (R)

        - évaluation du protocole et des analyses d’un autre groupe d’étudiants, développement d’un sens critique.

      • Génétique évolutive expérimentale (5 ECTS)

        Amener les étudiants à mettre en application les concepts de génétique évolutive enseignés au cours des UE précédentes (M1-S1 et licence) au travers de travaux pratiques menant à l'acquisition, l'analyse et l'interprétation de données expérimentales d'écologie moléculaire.

        Connaissances  : Approfondissement des connaissances sur les concepts associés à la définition de stratégies d'échantillonnage et de protocoles expérimentaux. Approfondissement des connaissances sur les méthodes d'analyse de données moléculaires. Initiation au développement et au suivi d'un projet de recherche.

        Compétences  :

        - Définition et acquisition d'un échantillonnage biologique pour répondre à une question scientifique ;

        - Utilisation de technique de biologies moléculaires utilisées en écologie évolutive (extraction d' ADN, PCR, génotypage, séquençage) ;

        - Utilisation d'outils statistiques d'analyse de données moléculaire ;

        - Interprétation et restitution de données scientifique et de résultats d'analyse ;

        - Compétences additionnelles et transversales : utilisation d'outils bio-informatiques (lecture de manuel d'utilisation, préparation de fichiers d'entrée, lecture de fichier de sortie), lecture critique d'articles scientifiques, communication scientifique.

      • Ecosystèmes marins : fonctionnement et écophysiologie (5 ECTS)

        Acquérir les connaissances pratiques et théoriques du fonctionnement des écosystèmes marins et des adaptations écophysiologiques des organismes végétaux et animaux qui les composent au cours d’un stage de terrain au Département Station Marine de l’Université de Lille 1. Des expérimentations en laboratoire seront proposées afin d’étudier les réponses des organismes au contraintes du milieu (Echantillonnages, Analyses, Interprétations). En complément des cours, un travail personnel sur des publications scientifiques en liaison avec les thèmes abordés sera demandé aux étudiants.

        Connaissances  : Connaissances spécialisées dans le domaine de l’écologie et de l’écophysiologie Marine tant animale que végétale. L’UE permet de balayer l’ensemble des connaissances nécessaires de l’échantillonnage à l’interprétation écologique.

        Compétences  :

        - Choisir et caractériser le plan d’échantillonnage ou d’expérimentation.

        - Mettre en œuvres des techniques de prélèvements, d’analyses et de mesure dans le domaine de l’Ecologie et de l’Ecophysiologie.

        - Effectuer le traitement élémentaire des données (représentations, statistiques…).

        - Interpréter les données et rédiger un rapport technique.

        - Paramétrer les processus physicochimiques et biologiques des écosystèmes à l’aide de modèle conceptuel graphique (STELLA)

        Compétences additionnelles et transversales  :

        - Comprendre un article scientifique en anglais.

        - Synthèse orale à partir d’une base documentaire.

      • Ecosystèmes marins : exploitation et gestion (5 ECTS)

        Aborder le monde professionnel lié au domaine marin à travers des visites, des sorties sur le terrain, des rencontres avec des professionnels et des applications pratiques au laboratoire au cours d’un stage de terrain au Département Station Marine de l’Université de Lille 1. Les thèmes étudiés iront de l’aquariologie muséographique à la pêche industrielle, en passant par l’aquaculture et aborderont la gestion des écosystèmes naturels. Cours et TD permettront d’acquérir des connaissances académiques sur ces thématiques pratiques.

        Connaissances  : Exemple d’exploitations des ressources marines et de gestion intégrée des Ecosystèmes côtiers.

        Compétences  :

        - Appréhender les enjeux de gestion intégrée dans le domaine marin

        - Comprendre le contexte socio-économique

        - Interagir avec le milieu professionnel

        Compétences additionnelles et transversales :

        - Rédiger des notes de synthèse

        - Réussir ses interactions en groupe de travail

  • Semestre 3
    • Liste des UEs obligatoires
      • Découverte du monde professionnel (5 ECTS)

        Faciliter l’entrée de l’étudiant dans le monde professionnel à la fin de sa formation en préparant sa recherche d’emploi et par la présentation des métiers et débouchés professionnel du master 2. Identifier les sources de financement d’un laboratoire, d’un bureau d’étude, d’un conservatoire.

    • Liste des UEs optionnelles
      • Droit de l'environnement appliqué à la gestion durable (5 ECTS)

        Acquérir les connaissances en droit nécessaires à la protection de l’environnement, des espèces et à la gestion des sites et à la compréhension des dossiers à la charge d’un professionnel de la gestion de la biodiversité.

      • Gestion de la biodiversité (5 ECTS)

        Savoir évaluer la valeur patrimoniale d’un habitat naturel, mettre en place un plan de gestion dans tous ces aspects (priorité de conservation, calendrier et fréquence des d’intervention, besoin humain et matériel, évaluation des coûts etc.), connaître  les principaux protocoles adaptés aux habitats ou espèces cibles (détermination de la charge pastorale, fréquence des fauches, méthode d’étrépage, gestion des inondations etc.).

      • Ecologie : concepts et méthodes (5 ECTS)

        L'objectif est double : acquérir des compétences approfondies en statistiques appliquées à l'écologie, et des connaissances sur des thématiques variées actuelles en écologie générale.

      • Biologie évolutive approfondie (5 ECTS)

        Compléter les connaissances de l’étudiant dans les thématiques de l’évolution des systèmes de reproduction (plantes et animaux), évolution des traits d’histoire de vie et de l’adaptation, par une série de cours / TD / conférences. Une emphase particulière est portée sur la démarche utilisée pour mettre en évidence les différents résultats scientifiques. Lors des interventions, les étudiants sont sensibilisés aux différentes approches méthodologiques utilisées en biologie évolutive (approches de modélisation, approches expérimentales classiques d’écologie évolutive, approches QTL, approches phylogénétiques, génomique), et formés à l’interprétation des résultats.

      • Outils géomatiques pour l'étude de la biodiversité (5 ECTS)

        Comprendre l’architecture d’une  base de données et les principaux outils informatiques indispensables à sa conception et à sa gestion. Etre capable de réaliser une extraction d’information. Connaitre les outils de bases des systèmes d’information géographique (QGis, Arcview, …), être capable de réaliser des manipulations simples. Connaitre les principales bases de données régionales et leur utilisation dans le domaine de la connaissance et protection des habitats naturels.

      • Connaissance de la faune et de la flore (5 ECTS)

        Le but de cette UE est de découvrir les groupements végétaux et animaux d'écosystèmes régionaux terrestres et dulçaquicoles de fort intérêt patrimonial, de connaitre les méthodes et outils de détermination de groupes taxonomiques complexes (Poacées, Cypéracées, Bryophytes pour les plantes ; Odonates, Syrphidés pour l’entomofaune) et d’appréhender la dynamique des écosystèmes par l’approche phytosociologique.

      • Biologie et génétique de la conservation (5 ECTS)

        Appréhender les concepts fondamentaux d'écologie et de génétique évolutive théoriques et appliqués sur lesquels s'appuie la biologie et génétique de la conservation. Se familiariser avec les approches méthodologiques démographiques et moléculaires utilisées pour l'estimation, la gestion ou la conservation de la biodiversité, tant d’un aspect appliqué que fondamental. Analyser et replacer dans un contexte scientifique les propositions, les enjeux et la démarche méthodologique contenus dans un appel à projet soumis pour financement en biologie de la conservation.

      • Projet bibliographique et anglais scientifique (5 ECTS)

        Initier l'étudiant à la recherche de documents et à la réalisation d'une synthèse bibliographique d'articles scientifiques. Informer l'étudiant sur le fonctionnement du monde de la publication scientifique. L'amener à pratiquer la lecture d'une littérature scientifique en anglais dans un domaine proche de son sujet de stage. Entrainer l'étudier à faire une présentation scientifique, et à répondre aux questions d'un jury

      • Adaptation genomics (5 ECTS)

        This course aims at introducing the concepts and methodological approaches (e.g. top-down: QTLs and GWA-mapping; and bottom-up: genome scans) used to identify genomic regions and genes involved in major plant species adaptation.

      • Ecologie moléculaire (5 ECTS)

        Assimiler l’utilisation de divers outils moléculaires, statistiques et conceptuels pour étudier les structures spatiales de polymorphismes génétique et en tirer des inférences en termes de phylogéographie, de patrons de flux de gènes, de sélection naturelle et d’écologie comportementale.

  • Semestre 4
    • Liste des UEs optionnelles
      • Stage de longue durée individuel coloration recherche (30 ECTS)

        Immersion prolongée dans le milieu professionnel de la recherche scientifique. Apprentissage de la réalisation d'un projet personnel de grande envergure. Rédaction d'un mémoire. Perfectionnement à la préparation d'un exposé de soutenance.

      • Stage de longue durée individuel coloration pro (30 ECTS)

        Immersion prolongée dans le milieu professionnel de l'étude et de la gestion intégrée des écosystèmes naturels et anthropisés. Apprentissage de la réalisation d'un projet personnel de grande envergure. Rédaction d'un mémoire. Perfectionnement à la préparation d'un exposé de soutenance.


Prérequis

Bases solides théoriques et pratiques en biologie animale et végétale, Ecologie, Biostatistiques et Ecotoxicologie.

Prérequis

Bases solides théoriques et pratiques en biologie animale, biologie végétale, écologie, génétique des populations et biostatistiques. Bases théoriques et pratiques dans le domaine de l'écologie marine.

Prérequis

Bases solides théoriques et pratiques en biologie animale, biologie végétale, écologie, et génétique des populations. Introduction aux biostatistiques, à l'écotoxicologie.

Admission

Licence de Sciences de la Vie, parcours Biologie des Organismes et des Populations (pour une entrée en 1ère année de Master)

1ère année de Master en Ecologie, Biodiversité, Ecotoxicologie pour une entrée en 2ème année de Master

Admission

Licence de Biologie, parcours Biologie des Organismes et des Populations (ou equivalent sur validation par le jury d'admission) pour l'entrée en master 1ére année.

Master Biodiversité, Ecologie, Evolution (ou équivalent sur validation par le jury d'admission) pour l'entrée en 2éme année.

Admission

Licence Sciences de la vie, parcours Biologie des Organismes et des Populations

Accès et tarifs en formation continue

Pour tout renseignement concernant l’information et l’orientation du public en reprise d’études après un arrêt de 2 ans ou plus, la Validation des Acquis et de l'Expérience (VAE) et la Validation des Acquis Professionnels (VAP) et les tarifs appliqués, contacter le Service Formation Continue : Tél. 03 20 43 45 23

Droits de scolarité en formation initiale

Pour l'année universitaire 2017-2018, les droits de scolarité en formation initiale s'échelonnent selon les diplômes préparés : 184 € (années d'études conduisant à la Licence, au DUT, au DEUST) ; 256 € (années d'études conduisant au Master) ; 391 € (cursus doctorat et HDR) et 610 € (Diplôme d'ingénieur). A cela s'ajoutent 217€ de cotisation pour la Sécurité Sociale et 5,10 € de droits universitaires.


Poursuite d'études et insertion professionnelle

Pour l'orientation professionnelle:

Ingénieurs écologues, chargés de mision en environnement, chargés d'études, hydrobiologiste dans des collectivités territoriales et services décentralisés de l'état: ONEMA (Office National de l'Eau et des Milieux Aquatiques), DREAL (Direction Régional de l’Environnement,de l’Aménagement , du Logement), Institut interdépartemental du Nord Pas de Calais, INERIS (Institut National de l’Environnement  Industriel et des Risques) et dans des bureaux d'étude.

Pour l'orientation recherche:

Métiers de l'enseignement et de la recherche dans des Universités et Centres de recherche (CNRS, INRA, IRSTEA...)

 

 

Poursuite d'études et insertion professionnelle

  • Chercheur en biologie et écologie marine en laboratoires de recherche institutionnelle (CNRS, Universités, Stations Marines, Ifremer, IRD). Ce profil nécessite de compléter la formation par un Doctorat.
  • Ingénieur d’étude, Ingénieur Ecologue en laboratoire de recherche, structure de surveillance et d’observation. Ce profil correspond à une entrée à BAC+5 dans le monde de la Recherche publique, privée et associative.
  • Chargé de Mission, Chargé d’étude en bureau d’étude, collectivité territoriale ou agence d’état. Les métiers correspondants sont alors tournés vers la gestion, la protection, la valorisation des écosystèmes, en particulier dans les zones littorales et maritimes.

Poursuite d'études et insertion professionnelle

Chercheurs du secteur public et privé dans le domaine de la biodiversité; cadres écologues des collectivités territoriales, Conservatoires Botaniques Nationaux, Conservatoires des Sites Naturels et Parcs Naturels Régionaux, bureaux d'études spécialisés dans l'expertise naturaliste et la conception de plan de gestions des habitats naturels ; métiers associés à la gestion intégrée des milieux naturels et anthropisés et à la bioremédiation; métiers associés à l'éducation à l'environnement

Composantes

Personnes à contacter

Première année

Responsable
jean-francois.arnaud@univ-lille1.fr
Secrétariat
03 20 43 49 56

Première année

Responsable
Jean-Francois.Arnaud@univ-lille1.fr
Secrétariat
03 20 43 49 56
Thomas.Tiberghien@univ-lille1.fr

Deuxième année

Responsable
anne.creach@univ-lille1.fr et alain.lepretre@univ-lille1.fr
Secrétariat
03 20 43 49 56
Thomas.Tiberghien@univ-lille1.fr

Première année

Responsable
jean-francois.arnaud@univ-lille1.fr
Secrétariat
0320434956
thomas.tiberghien@univ-lille1.fr

Deuxième année

Responsable
valerie.gentilhomme@univ-lille1.fr
Secrétariat
secretariat.smw@univ-lille1.fr

Première année

Responsable
Yves.Piquot@univ-lille1.fr
Secrétariat
03 20 43 49 56
Thomas.Tiberghien@univ-lille1.fr

Deuxième année

Responsable
pascal.touzet@univ-lille1.fr et Yves.Piquot@univ-lille1.fr
Secrétariat
03 20 43 49 56
Thomas.Tiberghien@univ-lille1.fr